是否可以在R Jupyter筆記本中安裝Bioconductor封裝「雨」？

我想在Jupyter筆記本上安裝R的bioconductor rain package。是否可以在R Jupyter筆記本中安裝Bioconductor封裝「雨」？

我不能安裝該軟件包中Jupyter筆記本按照上面鏈接的網站上給出的指令 - 在R木星筆記本：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rain")

我收到以下錯誤：

Warning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status

我能夠使用以下命令在Jupyter（DESeq2）中安裝不同的Bioconductor軟件包 - 在命令行中：

conda install bioconductor-deseq2

但是這種方法不適用於降雨包，因爲與deseq2不同，降雨不在水蟒雲上。

是否有可能在Jupyter上安裝bioconductor軟件包而不是在anaconda雲（如雨包）上，如果是，如何安裝？

謝謝！

來源

2016-06-28 A. Vislova

可能重複[我應該如何處理'package'xxx'不可用（對於R版本xyz）「warning？]（http://stackoverflow.com/questions/25721884/how-should-i-deal -with-package-xxx-is-not-available-for-r-version-xyz-wa） – zx8754

不完全一樣 - 我的問題與安裝專門用於Jupyter Notebook軟件的R軟件包有關。 –

我找到了解決我的問題的方法。有兩種方式安裝IRkernel：1）使用CRAN + Github（說明：http://irkernel.github.io/）和2）作爲名爲r-irkernel的conda軟件包。後來我用過的方法安裝並運行conda自己的R版本，R可以安裝的軟件包的功能比較有限。鑑於CRAN + Github方法允許Jupyter使用您的計算機上已安裝的R版本以及它可以運行的任何軟件包。

來源

2016-07-26 02:06:51

是否可以在R Jupyter筆記本中安裝Bioconductor封裝「雨」？

回答

相關問題