SKNW軟件包錯誤

Question

我在python中使用SKNW軟件包，通過pip安裝，在一組具有相同大小（60x60x60）的.tiff 3D圖像上計算出的骨架上構建圖形（參考https://github.com/yxdragon/sknw）：

stack = skimage.io.imread('image1.tiff',plugin='tifffile') 
ske = skeletonize_3d(stack).astype(np.uint16) 

# build graph from skeleton 
graph = sknw.build_sknw(ske) 

的問題是，該函數的build_sknw（SKE）「適用於一些圖像和其他我得到這兩個錯誤之一：

IndexError      Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-9-f133f5f3fe10> in <module>() 
----> 1 graph = sknw.build_sknw(ske) 

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/sknw/sknw.pyc in 
build_sknw(ske) 
112 def build_sknw(ske): 
113  mark(ske) 
--> 114  nodes, edges = parse_struc(ske.copy()) 
115  return build_graph(nodes, edges) 
116 

IndexError: index 218852 is out of bounds for axis 0 with size 216000 

或者我得到一個分割故障：11錯誤，ipython被關閉。

任何想法？

Answer 1

我解決了這個問題，在堆棧的開始和結尾（.tiff 3D圖像）添加了值爲[0] [0] [0]的體素。