從perl運行linux中的程序

Question

我想通過使用系統命令（或任何其他方式）從perl運行程序。

system（「samtools」）;

我覺得應該通過這個殼，但它抱怨，不能Exec的「samtools」文件或目錄不存在，當我運行它。我已經嘗試例如

系統其他許多不同的程序（ 「velveth」）;

它工作正常，但不是這個（samtools）。你之前有沒有遇到過這個問題？ 我真的很困惑。

Answer 1

您可以給出該文件位置的完整路徑。

例如：

system("/usr/bin/perl -de 1"); 

Answer 2

嘗試把Linux命令裏面``字符。將工作以及。

Answer 3

您是否在當前shell中手動修改$path的samtools？

由於system啓動一個新的子shell來運行您的命令，所以如果您的.bashrc中不存在搜索路徑，您必須自己追加samtools的搜索路徑。檢查方式：

perl -e 'system("echo \$PATH")' 

和

echo $PATH 

，看看是否有任何區別。