在r中，如何運行使用類型III錯誤的雙因素ANOVA並查看兩兩比較？

我有一個數據集，我想比較物種和棲息地對家庭大小的影響 - 同時使用III類錯誤和物種和棲息地內的成對比較。
這裏的數據子集：在r中，如何運行使用類型III錯誤的雙因素ANOVA並查看兩兩比較？

species<- c("a","b","c","c","b","c","b","b","a","b","c","c","a","a","b","b","a","a","b","c") 
    habitat<- c("x","x","x","y","y","y","x","x","y","z","y","y","z","z","x","x","y","y","z","z") 
    homerange<-c(6,5,7,8,9,4,3,5,6,9,3,6,6,7,8,9,5,6,7,8) 
    data1<-data.frame(cbind(species, habitat, homerange)) 
    data1$homerange<-as.numeric(as.character(data1$homerange))

目前我的三個品種spltting備份數據，然後運行單獨的方差分析每一個，但我相信它更有意義詢問物種和棲息地的同一個方差分析。以下是我爲某種物品跑過的ANOVA示例：

data.species.a<-subset(data1, species=="a") 
fit<-aov(homerange ~ habitat, data=data.species.a) 
summary(fit) 
TukeyHSD(fit)

aov（）似乎使用I型錯誤。。。我認爲這不合適;加上我相信圖基的測試可能是一個過於保守的配對比較方法。有人可以幫助我採取一種方法，使我能夠運行一種方差分析，考慮物種和棲息地對居住地的影響以及III類錯誤，也允許對物種和棲息地進行不太保守的配對比較。

來源

2012-09-05 Luke

可能更適合於（http://stats.stackexchange.com/）它們回答[general R questions，]（http://meta.stats.stackexchange.com/questions/1/how-to-answer-r-questions），但是這也尋求建模建議。 – Christopher

我想你的意思是類型III的正方形。 – Dason

我有點困惑。對於具有單個預測變量的模型，基於類型I，II，III SSQ的測試給出*相同的*結果（將您的'aov'與@Dinin的答案的結果進行比較，並將他的答案的一個小變量'Anova（...，type =「II」）'。您是否想要在上面測試'aov（homerange〜habitat * species）'？我是第二個被CrossValidated的建議。 –

您可以在包'car'中設置Anova以報告類型III的正方形總和，並且在應該能夠將該模型對象作爲輸入的'agricolae'包中有一個HSD.test。我不認爲你可以在數據不平衡的情況下合理地使用aov（），所以我正在用lm（）適合它。

fit<-lm(homerange ~ habitat, data=data.species.a) 
require(car) 
Anova(fit, type="III") 
require(agricolae) 
comparison <- HSD.test(fit, "habitat", group=TRUE, 
main="Yield of sweetpotato\nDealt with different virus")

注意，正方形的III型和的SAS默認與蔑視（有時甚至是完全嘲笑）由R基本包（read this有詳細介紹）的作者觀察。該方法在「汽車」包中的呈現主要是爲了比較的目的，而不是關於統計正確性的建議。

要爲約接受SAS標準非常謹慎添加引用的原因：[交叉驗證] Frank Harrell's comments re: loss of power和Bill Venables' later comments in the same thread on r-help

來源

2012-09-05 20:58:37

在r中，如何運行使用類型III錯誤的雙因素ANOVA並查看兩兩比較？

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