在MPI中按元素明智地收集和收集元素

Question

計算後，使用笛卡爾拓撲將矩陣與矢量相乘。我用他們的等級和向量得到以下過程。

P0 (process with rank = 0) =[2 , 9]. 
P1 (process with rank = 1) =[2 , 3] 
P2 (process with rank = 2) =[1 , 9] 
P3 (process with rank = 3) =[4 , 6]. 

現在。我需要分別總結偶數等級過程的奇數那些的元素和，如下所示：

temp1目錄= [3,18]
TEMP2 = [6,9]

，然後，收集結果在不同的載體，就像這樣：

result = [3 , 18 , 6 , 9]

我attampt做到這一點是使用MPI_Reduce然後MPI_Gather這樣的：

// Previous code 
double* temp1 , *temp2; 
    if(myrank %2 == 0){ 
    BOOLEAN flag = Allocate_vector(&temp1 ,local_m); // function to allocate space for vectors 
    MPI_Reduce(local_y, temp1, local_n, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, 0 , comm); 
    MPI_Gather(temp1, local_n, MPI_DOUBLE, gResult, local_n, MPI_DOUBLE,0, comm); 
     free(temp1); 
     } 
    else{ 
     Allocate_vector(&temp2 ,local_m); 
     MPI_Reduce(local_y, temp2, local_n , MPI_DOUBLE, MPI_SUM, 0 , comm); 
     MPI_Gather(temp2, local_n, MPI_DOUBLE, gResult, local_n, MPI_DOUBLE, 0,comm); 
     free(temp2); 
     } 

但答案不correct.It seemd該代碼求和偶數和奇數處理togather的所有元素，然後給出一個分段錯誤： Wrong_result = [21 15 0 0] 和此錯誤

** Error in ./test': double free or corruption (fasttop): 0x00000000013c7510 *** *** Error in ./test': double free or corruption (fasttop): 0x0000000001605b60 ***

Answer 1

它不會像你試圖這樣做。爲了減少一部分流程的元素，你必須爲它們創建一個子通信器。在你的情況下，奇數和偶數進程共享相同的comm，因此這些操作不是在兩個獨立的進程組上，而是在聯合組上。

您應該使用MPI_Comm_split進行分割，利用這兩個新subcommunicators進行還原，終於有秩0的每個subcommunicator（讓我們調用這些領導）參加聚集了只包含這兩個另一個subcommunicator ：

// Make sure rank is set accordingly 

MPI_Comm_rank(comm, &rank); 

// Split even and odd ranks in separate subcommunicators 

MPI_Comm subcomm; 
MPI_Comm_split(comm, rank % 2, 0, &subcomm); 

// Perform the reduction in each separate group 

double *temp; 
Allocate_vector(&temp, local_n); 
MPI_Reduce(local_y, temp, local_n , MPI_DOUBLE, MPI_SUM, 0, subcomm); 

// Find out our rank in subcomm 

int subrank; 
MPI_Comm_rank(subcomm, &subrank); 

// At this point, we no longer need subcomm. Free it and reuse the variable. 

MPI_Comm_free(&subcomm); 

// Separate both group leaders (rank 0) into their own subcommunicator 

MPI_Comm_split(comm, subrank == 0 ? 0 : MPI_UNDEFINED, 0, &subcomm); 
if (subcomm != MPI_COMM_NULL) { 
    MPI_Gather(temp, local_n, MPI_DOUBLE, gResult, local_n, MPI_DOUBLE, 0, subcomm); 
    MPI_Comm_free(&subcomm); 
} 

// Free resources 

free(temp); 

其結果將是在等級0的gResult在後者subcomm，這恰好是秩0 comm的，因爲進行的分割的方式。

不像預期的那麼簡單，我想，但那是在MPI中進行方便的集體操作的代價。

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在一個側面節點，在代碼中所示您正在分配temp1和temp2是長度local_m的，而在所有集體呼叫的長度被指定爲local_n。如果它發生local_n > local_m，那麼會發生堆損壞。