同時取代功能

我已將用戶輸入的DNA代碼(A,T,G,C)轉換爲RNA代碼(A,U,G,C)。這很容易同時取代功能

RNA_Code=DNA_Code.replace('T','U')

現在接下來我需要做的是將RNA_Code轉換成它的恭維鏈。這意味着我需要用U代替A，用A代替U，用C代替G，用G代替C，但是全部同時。

如果我說

RNA_Code.replace('A','U') 
RNA_Code.replace('U','A')

它將所有作爲到我們，那麼所有的我們爲作爲，但我留下的所有至於兩者。

我需要它採取類似AUUUGCGGCAAA並將其轉換爲UAAACGCCGUUU。？

如何完成這件事的任何想法（3.3）

來源

2013-05-01 Deaven Morris

使用翻譯http://pymotw.com/2/string/#functions。 – 2013-05-01 17:17:56

使用轉換表：

RNA_compliment = { 
    ord('A'): 'U', ord('U'): 'A', 
    ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'} 

RNA_Code.translate(RNA_compliment)

的str.translate() method需要從代碼點替換字符映射（數字）。 ord() function爲我們提供了給定角色的代碼點，使您可以輕鬆構建您的地圖。

演示：

>>> RNA_compliment = {ord('A'): 'U', ord('U'): 'A', ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'} 
>>> 'AUUUGCGGCAAA'.translate(RNA_compliment) 
'UAAACGCCGUUU'

來源

2013-05-01 17:12:06

Drat，打我吧。（我看你已經使用過鏈接了！） – BlackVegetable 2013-05-01 17:13:54

@BlackVegetable：略有不同的鏈接，這是Python 3，但是。 – 2013-05-01 17:15:06

不要忘記['str.maketrans']（http://docs.python.org/3/library/stdtypes.html#str.maketrans） – 2013-05-01 23:17:34

您可以使用映射詞典：

In [1]: dic={"A":"U","U":"A","G":"C","C":"G"} 

In [2]: strs="AUUUGCGGCAAA" 

In [3]: "".join(dic[x] for x in strs) 
Out[3]: 'UAAACGCCGUUU'

來源

2013-05-01 17:13:26

如果你還沒有使用它，我建議嘗試Biopython。它具有處理生物數據的各種功能，包括一個非常酷的物體。有一個reverse_complement()函數可以完成你想要做的事情，還有一些你可能還沒有想到的事情。檢查一下，這是一個真正的節省時間。

>>> from Bio.Seq import Seq 
>>> from Bio.Alphabet import generic_dna 
>>> my_dna = Seq("AGTACACTGGT", generic_dna) 
>>> my_dna 
Seq('AGTACACTGGT', DNAAlphabet()) 
>>> my_dna.complement() 
Seq('TCATGTGACCA', DNAAlphabet()) 
>>> my_dna.reverse_complement() 
Seq('ACCAGTGTACT', DNAAlphabet())

來源

2013-05-01 17:17:51 MattDMo

同時取代功能

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