2016-11-22 77 views
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我試圖爲bioconda構建一個新包(verifybamid)。我在docker,conda,bioconda-utils等設置的最小Linux VM上運行。 conda build verifybamid工程。當我嘗試./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug事情起初工作正常,但最終我得到由test_package()調用No such file or directory: mulled-build。根據bioconda-utilsbioconda:沒有這樣的文件或目錄仔細構建

各自構建包,現在可以在一個孤立的busybox容器 由於研磨過的構建和involucro測試。這會遇到一些問題,其中 配方未能在運行依賴關係中指定庫(例如,libgcc)。

但是我需要安裝哪個包才能工作?

感謝, 安德烈亞斯

回答

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您需要安裝星系庫。實際上,它應該與您的requiremets.txt文件一起作爲bioconda-utils的依賴項。如果沒有,請執行conda install galaxy-lib,您將獲得仔細構建,以便使用Conda軟件包創建非常高效的Docker容器。

乾杯, 比約恩·

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這工作!涼!謝謝! BTW:galaxy-lib在當前bioconda commit的任何requirements.txt文件中都沒有提到 – Andreas

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