使用docker文件安裝R軟件包

我在docker文件中使用了下面的行安裝了R。請建議如何指定現在要安裝在我的docker文件中的軟件包。使用docker文件安裝R軟件包

RUN yum -y install R-core R-devel

我在做這樣的事情：

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"\ 
    && R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" \ 
    && R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"

這是做正確的方法是什麼？

來源

2017-07-24 Ashag

可能的相關文章：https：//stackoverflow.com/questions/6907937/how-to-install-dependencies-when-using-r-cmd-install-to-install-r-packages – Damian

你給的鏈接不是關於dockerfile。你能建議如果你有什麼想法，我該怎麼辦？ – Ashag

是否可以從shell提示符運行命令或通過Docker運行R腳本？這篇文章提出了安裝軟件包的多種選擇 - 我認爲它們中的一種可能適用於您的情況，即使未特別提及docker也是如此。 – Damian

我建議看看R-studio和R-base。你可以有一個預先安裝了R的映像，它們也可以幫助你安裝軟件包。 Here是他們在RStudio上的文檔的鏈接。有點難找。 This部分可能會幫助你。

來源

2017-07-24 21:01:54 Ayushya

1.）我不想安裝R studio。 2.）我不能使用r-base或其他的東西，因爲mybase圖像來自一些私人存儲庫，因此。我不能使用apt-get來安裝任何東西.Tha是我使用yum來安裝東西的原因。你可以建議豐富的情況下，使用yum安裝R我的方式後，我如何安裝軟件包？ – Ashag

我不知道如何安裝R包，但是，如果您可以準備一個安裝R包的腳本，那麼我可以幫助您在dockerfile中運行該腳本。 – Ayushya

檢查修改請 – Ashag

您可以使用所需的安裝命令編寫R腳本，然後使用Docker運行它 - 如果我正確閱讀本文檔（https://hub.docker.com/_/r-base/）。

FROM r-base 
COPY . /usr/local/src/myscripts 
WORKDIR /usr/local/src/myscripts 
CMD ["Rscript", "myscript.R"] 

Build your image with the command: 

$ docker build -t myscript /path/to/Dockerfile

其中myscript.R包含相應的軟件包安裝命令。

來源

2017-07-24 21:20:13 Damian

運行R腳本是不可能的。 – Ashag

我正在做這樣的事情：RUN R -e「install.packages（'methods'，dependencies = TRUE，repos ='http：//cran.rstudio.com/'）」\ && R -e「install .packages（'jsonlite'，dependencies = TRUE，repos ='http：//cran.rstudio.com/'）「\ && R -e」install.packages（'tseries'，dependencies = TRUE，repos ='http ：//cran.rstudio.com/'）「 – Ashag

這是正確的做法嗎？ – Ashag

是的，你的解決方案應該可以工作。我遇到了同樣的問題，並在這裏找到了解決方案https://github.com/glamp/r-docker/blob/master/Dockerfile。

總之，使用：RUN Rscript -e "install.packages('PACKAGENAME')"。我已經嘗試過，它的工作原理。

來源

2018-02-14 13:06:39 elevendollar

使用docker文件安裝R軟件包

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