2017-08-04 155 views
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我試圖繪製在Windows 10中的R採用PCA我的數據集,但同時繪製我錯誤消息

長度爲零的「標籤」指定

消息

以下是在數據集和代碼:

Taxon,L/D1 ,L/D4,L/DL,Di.Pro.,ST,H.Fo/H.Ch 
1,3,2.9,2.28,200,2,1 
1,1.33,2.3,2.44,225,2,1 
1,2,2.52,2.4,150,2,1 
1,3.5,2.75,2.32,125,2,1 
1,3.18,2.81,2,125,2,1 
1,2.35,3,2.82,125,2,1 
1,2.72,2.28,2.09,250,2,1 
2,3.6,2.82,2.65,125,4,1 
2,2.5,2.7,3.02,150,4,1 
2,3.2,2.6,2.7,150,4,1 
2,2.4,3.3,2.7,200,4,1 
2,3,2.87,3.08,175,4,1 
3,2,2.83,2,100,1,0.67 
3,4,2.66,2.26,100,1,0.67 
3,2.33,2.78,2.28,150,1,0.67 
3,2,2.83,2.3,100,1,0.67 
4,2.83,2.83,2.66,200,1,0.66 
4,3.66,2.57,2.27,100,1,0.66 
4,3.33,2.9,2.25,150,1,0.66 
4,4.33,3.09,2.15,125,1,0.66 
4,1.85,2.44,2.43,225,1,0.66 
4,2.85,2.57,2.65,175,1,0.66 
4,2.8,2.55,2.2,200,1,0.66 
4,1.85,2.57,2.04,175,1,0.66 
5,2.83,2.5,3,125,3,0.66 
5,2.8,4,3.14,200,3,0.66 
5,2,3.5,2.4,200,3,0.66 
5,3,3.42,2.9,150,3,0.66 
5,2.4,2.6,2.71,175,3,0.66 
5,4,3.37,2.52,125,3,0.66 
5,1.75,2.69,2.9,250,3,0.66 
5,2,2.54,2.76,200,3,0.66 
5,2.4,3.25,2.46,175,3,0.66 
6,3.5,3.14,2.48,75,5,1 
6,2.25,2.16,2.1,75,5,1 
6,3,3.23,2.77,125,5,1 
6,2.5,2.3,1.85,100,5,1 
6,2.95,2.71,2.14,100,5,1 
6,2.5,3.4,3.09,125,5,1 
6,2,2.57,2.3,100,5,1 
6,3,2.55,2.46,125,5,1 
7,3,4.76,2.94,100,1,1 
7,1.66,2.77,2.2,200,1,1 
7,2.16,2.8,2.4,250,1,1 
8,2.25,3.09,2.83,150,3,1 
8,3.5,3.5,2.88,125,3,1 
8,3.33,2.87,3.04,150,3,1 

library(vegan) 
daz= read.csv (file.choose()) 
cor(daz) 
daz.pca<-rda(daz) 
summary(daz.pca) 
PCA1,2 
daz.taxon.pca <- rda(daz[,c(2:7)],scale=T) 
par(pty="s") 
plot(scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=1),scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=2),type="n",xlab="PCA1 (99.69%)",ylab="PCA2 (0.19%)",xlim=c (-8.00,8.00),ylim=c(-2.00,1.50)) 

abline(v=0,lty=3) 
abline(h=0,lty=3) 

arrows(0,0,scores(daz.taxon.pca,display="species",choices=1),scores(daz.taxon.pca,display="species",choices=2),length=0.10,col="dark gray") 

text(scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=1),scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=2),as.character(daz$taxon),cex=0.7) 

錯誤text.default(分數(daz.taxon.pca,顯示= 「網站」,選擇 = 1),:指定零長度「標籤」

任何幫助?我對R很陌生,沒有找到任何關於這個錯誤的解釋。一般的代碼似乎很好,除了當我添加

text(scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=1),scores(daz.taxon.pca,display="sites",choices=2),as.character(daz$taxon),cex=0.7) 

爲情節,錯誤出現。任何提示將不勝感激。

回答

0

您使用daz$taxon而不是daz$Taxon來訪問daz變量中返回NULL的數據。

使用下面的代碼在你的分析結束,它應該很好地工作:

text(scores(daz.taxon.pca, display="sites", choices=1), 
    scores(daz.taxon.pca, display="sites", choices=2), 
    as.character(daz$Taxon), 
    cex=0.7) 

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