NiftyNet：索引超出界限錯誤

Question

我剛開始使用NiftyNet進行醫學圖像分割。要開始使用該軟件，我試圖運行從Brats Challenge數據集中分割圖像的演示（http://www.braintumorsegmentation.org/）。

我已經下載了Brats，數據，使用rename_crop_brats就可以了，並設置我的$ PYTHONPATH。然而，當我運行命令：

python net_run.py train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

我收到以下錯誤信息：

tensorflow.python.framework.errors_impl.InvalidArgumentError: Provided indices are out-of-bounds w.r.t. dense side with broadcasted shape

我不太知道我已經搞砸這裏，有什麼建議歡迎。

Answer 1

此錯誤意味着您的訓練圖像中的網格可以輸出的離散標籤更多。在這裏，似乎有兩個以上的標籤，而這個網絡設置爲二進制分類。

您可以檢查.ini文件中的'histogram_ref_file'指向哪個文件嗎？它應該指向[niftynet]/demos/BRATS17目錄中提供的目錄，它將腫瘤掩碼二進制化。該文件應具有以下文字：

labellabelfrom 0 1 2 4 
labellabelto 0 1 1 1 

如果你還沒有給此文件路徑，該網絡將自動生成它所有的腫瘤標記爲1，所有背景的標籤，其指定爲0，給訓練圖像4個離散的類。

這是否解決了問題？