R：將矩陣重新排列爲三列

Question

我在R中有一個矩陣。每個條目i,j是一個分數，rownames和colnames是ids。

取而代之的是矩陣的我只是想有一個3列矩陣：i，j，score

現在，我使用嵌套的for循環。喜歡：

for(i in rownames(g)) 
    { 
     print(which(rownames(g)==i)) 
     for(j in colnames(g)) 
     { 
      cur.vector<-c(cur.ref, i, j, g[rownames(g) %in% i,colnames(g) %in% j]) 
      rbind(new.file,cur.vector)->new.file 
     } 

    } 

但是，這是非常低效的，我想...我敢肯定，有一個更好的方式，我只是不夠好與R還沒有。 想法？

Answer 1

如果我正確理解你，你需要壓扁矩陣。
您可以使用as.vector和rep添加ID列，例如：

m = cbind(c(1,2,3),c(4,5,6),c(7,8,9)) 
row.names(m) = c('R1','R2','R3') 
colnames(m) = c('C1','C2','C3') 

d <- data.frame(i=rep(row.names(m),ncol(m)), 
       j=rep(colnames(m),each=nrow(m)), 
       score=as.vector(m)) 

結果：

> m 
    C1 C2 C3 
R1 1 4 7 
R2 2 5 8 
R3 3 6 9 

> d 
    i j score 
1 R1 C1  1 
2 R2 C1  2 
3 R3 C1  3 
4 R1 C2  4 
5 R2 C2  5 
6 R3 C2  6 
7 R1 C3  7 
8 R2 C3  8 
9 R3 C3  9 

請注意，此代碼轉換矩陣爲data.frame，自排和col名可以是字符串，你不能有不同的列矩陣類型。
如果您確定所有行和列名都是數字，則可以將其強制轉換爲矩陣。

Answer 2

如果您先將矩陣轉換爲表格（使用as.table）然後轉換爲數據框架（as.data.frame），那麼它將完成您所要求的操作。一個簡單的例子：

> tmp <- matrix(1:12, 3) 
> dimnames(tmp) <- list(letters[1:3], LETTERS[4:7]) 
> as.data.frame(as.table(tmp)) 
    Var1 Var2 Freq 
1  a D 1 
2  b D 2 
3  c D 3 
4  a E 4 
5  b E 5 
6  c E 6 
7  a F 7 
8  b F 8 
9  c F 9 
10 a G 10 
11 b G 11 
12 c G 12