2017-01-23 124 views
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我使用conda創建virtualenv,並在此env下安裝新的python軟件包,如下所示。conda安裝不能在conda中創建的virtualenv中工作

conda create --name env_2 
source activate env_2 
conda install biopython 

ls ~/anaconda/envs/env_2/lib/python3.6/site-packages/Bio/ # biopython is installed correctly 

但我仍然不能使用生物。我錯過了什麼嗎?

>>> import Bio 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
ImportError: No module named 'Bio' 
>>> 
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您是否在'source activate env_2'的相同終端選項卡中啓動了'python/ipython'? –

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我真的沒有足夠的信息來告訴我究竟發生了什麼。如果您在https://github.com/conda/conda的github問題中提供完整的終端會話輸入/輸出和'conda info',我可以提供幫助。 – kalefranz

回答

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默認情況下,conda create --name env_2將只安裝在環境activatedeactivateconda包,會有安裝任何解釋:

$ ls miniconda3/envs/env_2/bin/ 
activate conda  deactivate 

如果你想安裝的Python解釋器,你有3種選擇:

  1. 提供python作爲安裝在環境中的包:

    $ conda create --name env_2 python 
    
  2. 創建ENV後安裝Python作爲包裝:

    $ source activate env_2 
    (env_2)$ conda install python 
    
  3. 添加python到的默認包列表(documentation):

    $ cat ~/.condarc 
    create_default_packages: 
        - python 
    

編輯1 :

在評論中添加了信息。

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你的意思是我不能在virtualenv創建後安裝軟件包?它沒有意義 – zjffdu

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那麼,這是conda環境,而不是virtualenv之一。它的工作方式有點不同。激活環境後,您可以顯式安裝python'conda install python'。 –

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您也可以指定安裝在新環境中的默認軟件包列表(位於'〜/ .condarc'中 'create_default_packages'部分)。 Conda文檔:[總是默認添加軟件包](http://conda.pydata.org/docs/config.html#always-add-packages-by-default-create-default-packages) –