bash在調用程序時將程序參數存儲在變量中不會工作

Question

我想在我的bash_profile中編寫一個函數來記錄我用來執行程序的一些參數。問題是，當我將參數存儲在一個變量中時，當我調用我的程序時出現錯誤。

#!/bin/bash 

para="-db ~/Desktop/search_for_TDS/claClusterSeq -query ~/path/to/file/abc -out ~/Desktop/hallo_blast123" 

/home/xyz/blastn $para 

這將產生一個錯誤：

Command line argument error: Argument "query". File is not accessible: `~/path/to/file/abc' 

雖然這不會：

#!/bin/bash 

/home/xyz/blastn -db ~/Desktop/search_for_TDS/claClusterSeq -query ~/path/to/file/abc -out ~/Desktop/hallo_blast123 

通過調用在Ubuntu 16.04 LTS bash test.sh測試執行兩次。

下面是實際的功能，我想在我的.bash_profile如果這是興趣：

blastv25table(){ 

    if [[ ! $# = 5 ]]; then 

     echo "Param: query db wordSize task evalue" 

    else 

     #== Parameters == 

     DATE=$(date -I) 

     para="-num_threads 8 
     -query $1 
     -db $2 
     -outfmt 6 
     -task $4 
     -word_size $3 
     -out $PWD/"$1"_"$4"_ws_"$3"_eval_"$5"_Result_"$DATE"_table 
     -evalue $5 
     " 

     #== Parameter logfile == 

     log="./blast_param.log" 

     echo -e 'Timestamp\t: '$(date)'\nQuery file\t: '$1'\nDB file\t\t: '$2'\nParameters\t: '$para'\nBlastn\t\t: v2.5\n\n##---------------------------##\n' >> $log 


     #======= Start Blastn ====== 

     /home/xyz/blastn $para 

    fi 
} 

，首先導致我的測試是由導致錯誤：

-out $PWD/"$1"_"$4"_ws_"$3"_eval_"$5"_Result_"$DATE"_table

在哪裏想要使用從腳本被調用的目錄用於blastn的輸出參數

Answer 1

從你的簡短例子e，代字號不是在引用字符串中展開。

你想用的，而不是推動所有選項成一個字符串數組變量：

blastv25table() { 
    if [[ $# -ne 5 ]]; then 
     echo "Param: query db wordSize task evalue" 
    else 
     date=$(date -I) 
     para=(
     -num_threads 8 
     -query "$1" 
     -db "$2" 
     -outfmt 6 
     -task "$4" 
     -word_size "$3" 
     -out "$PWD/${1}_${4}_ws_${3}_eval_${5}_Result_${date}_table" 
     -evalue "$5" 
     ) 
     log="./blast_param.log" 

     printf 'Timestamp\t: %s\nQuery file\t: %s\nDB file\t\t: %s\nParameters\t: %s\nBlastn\t\t: v2.5\n\n##---------------------------##\n' \ 
      "$(date)" "$1" "$2" "${para[*]}" >> $log 

     /home/xyz/blastn "${para[@]}" 
    fi 
} 

如果你想在輸出文件是在同一目錄下blastn程序，做到這一點：

#!/bin/bash 
blast_dir=$(dirname "$0") 
... 
blastv25table() { 
    ... 
     -out "$blast_dir/${1}_${4}_ws_${3}_eval_${5}_Result_${date}_table"