無法執行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：沒有這樣的文件或目錄（pysam安裝）

我試圖安裝pysam。無法執行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：沒有這樣的文件或目錄（pysam安裝）

excecuting後：產生

python path/to/pysam-master/setup.py build

此錯誤：

unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory 
error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

也有類似的主題，但他們似乎都解決assumig administriator權利，我沒有問題。有沒有辦法來安裝所需的文件？

免責聲明：這個問題來自我以前的職位。 manually installing pysam error: "ImportError: No module named version" 但是因爲它可能需要不同的方法，所以我把它作爲一個問題。

來源

2017-09-27 Sergio.pv

這已經開始出現幾天以前，似乎仍然是一個問題。 – NirIzr

有同樣的問題。做'conda更新anaconda'解決了這個問題。有效地它需要升級到版本'3.6.2-hdfe5801_15'和Anaconda到'5.0.0.1-py36hfb0b618_1 ' – adonese

看起來Anaconda有一個新版本（4.3.27），它將C編譯器路徑設置爲不存在的可執行文件（這是一個令人尷尬的錯誤;我相信他們很快就會修復它）。我使用最新的Miniconda進行pip安裝也有類似的問題，我使用4.3.21版本修復了這個問題，並確保我沒有像conda update conda那樣做。

查看https://repo.continuum.io/miniconda/它有發佈日期和版本。

來源

2017-09-27 21:55:11

可以證實這對我有用。我安裝了先給我提出問題的東西，然後重新安裝了spyder和所有其他工具，我沒有遇到安裝問題，因爲我在第一次運行'conda install'後強行更新了這個問題。 – jamzsabb

這是正確的。謝謝喬恩。問題是python在構建時烘烤了幾個編譯器相關的變量。我們正在使用新的編譯器，它們是「前綴」。 gcc不存在 - 只有x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。這樣做是爲了避免衝突，但是以複雜化爲代價（並且存在bug的風險）新的python軟件包即將面市。此問題正在通過https://github.com/conda/conda/issues/6030 – msarahan

進行跟蹤另外一個評論：您可以將新編譯器作爲gcc_linux-64軟件包下載。還有gxx_linux-64和gfortran_linux-64--它們是分開的。這可能會讓你更進一步。這實際上意味着與conda-build 3一起使用，但它也可能在conda-build之外很好地工作。只要確保你激活你的環境。激活設置了許多使編譯器工作的重要環境變量。您可以激活根環境 - 只需輸入source activation root – msarahan

-3

在某處，$PATH（例如，~/bin），做

ln -sf $(which gcc) x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc

不要把這個在系統目錄中或暢達的bin目錄，並記得刪除的鏈接在問題解決的上游。 gcc --version應該是第6版

編輯：我理解對操縱系統路徑註釋的情緒，但也許我們可以背誦教義之前在手用一點批判性思維的實際情況。我們上面的命令實際上已經做了什麼？無非是在個人的~/bin目錄中放置一個名爲x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc的可執行文件（符號鏈接）。

如果把東西在一個人的個人~/bin目錄爆發未來conda（它修復了C編譯器的路徑指向gcc它嵌入後），那麼這將是與conda的錯誤。這個命名繁雜的編譯器是否會與其他任何東西混淆？不太可能。即使有東西拿起來，它畢竟只是你的系統gcc ...

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2017-09-28 04:33:59

現在我遇到同樣的錯誤，但不同： 'cc1：錯誤：無法識別的命令行選項「-fstack-protector-strong」 cc1：錯誤：無法識別的命令行選項「-fno-plt」 pysam/libchtslib.c：1：錯誤：錯誤值（haswell）for -mtune =開關錯誤：命令'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'失敗，退出狀態1' –

我建議不要隨意用符號鏈接來解決這類問題。 Jon Riehl提到了這個問題存在的一個錯誤和一個完善的解決方案（使用早期的conda）。 –

@ Sergio.pv您可能需要更新gcc。檢查'gcc --version'並確保它至少是6. –

它現在應該是安全的更新conda。這個被固定在下面的Python包爲Linux-64：

蟒-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
蟒-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
蟒-2.7 0.13 hac47a24_15.tar.bz2
中的python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

問題是因爲喬恩瑞爾描述的 - 我們（蟒蛇，前身爲連續）建立我們所有的套餐與我們使用crosstool-ng創建了新的GCC包。這個軟件包沒有gcc，它有一個前綴gcc - 你看到的缺少的命令，x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。這會變成python，並且用python構建的任何擴展都會去尋找那個編譯器。我們使用添加到python 3.6的_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME變量修復了這個問題。我們已經支持python 2.7和3.5。您現在只能使用默認編譯器（gcc）查看python，並且必須將_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME設置爲適當的文件名才能使用新的編譯器。設置這個變量是我們將要放入編譯器包的激活腳本中的東西，所以你永遠不需要擔心它。但是，我們可能需要一兩天才能獲得新的編譯器軟件包，因此，如果您想使用新的編譯器並需要入門幫助，請在conda-build問題跟蹤器上發佈問題。

相關的代碼更改爲：

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2017-09-29 23:43:27 msarahan

Miniconda尚未更新。它將被版本化爲4.3.27.1。我們會盡快安裝新的安裝程序。現在，如果你總是用''conda更新conda && conda更新python''，你應該得到一個好的版本。 – msarahan

我得到了同樣的錯誤：'無法執行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：沒有這樣的文件或目錄'與最新版本的miniconda（來自https://repo.continuum.io/miniconda /Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）。在R中安裝'ggplot2'時會產生錯誤（通過conda安裝r-base v3.4.2）。我使用conda v4.3.30和python v3.6.3。我嘗試使用conda v4.3.21，但這並沒有幫助。關於發生什麼問題的任何想法？ – sharchaea

'conda create -n renv r-essentials = 1.7.0 gcc_linux-64' then'source activate renv' and away you go。我們並沒有讓編譯器成爲r-base的依賴，因爲不是每個人都想從源代碼編譯東西。 –

您也可以收到同樣的錯誤，同時安裝一些R封裝如果R是使用conda安裝的（就像我一樣）。

然後，只需執行以下命令來安裝軟件包：conda install gxx_linux-64以使該命令可用。

來源： https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808

來源

2017-12-11 23:29:35

感謝你們，我在最近安裝的Anaconda 4.4.7上，完全更新顯示沒有新東西，你的答案解決了我的問題。（需要conda安裝gfortran_linux-64以及我正在安裝的軟件包） – JimLohse

無法執行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：沒有這樣的文件或目錄（pysam安裝）

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