帶多線程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安裝？

我試圖在8核心AMD Athlon FX-8320的OpenSuSE 12.2服務器上設置ATLAS，BLAS，LAPACK和R.我已經使用cpufreq和James McDaniel製作的paste.opensuse.org/92162247腳本cfu關閉CPU頻率縮放。帶多線程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安裝？

因此，按照說明，這裏http://math-atlas.sourceforge.net/atlas_install/node45.html我不需要安裝gcc（我知道呢）我有gcc（SUSE Linux）4.7.1 20120723安裝，g ++和gfortran與gcc相同的版本。

該指令旨在制定ATLAS的假配置以確定要使用的編譯器標誌。 ATLAS在說明中配置爲'../configure -b 64 -D c -DPentiumCPS = 2200 -Falg -fPIC'。我將其修改爲我認爲可以爲我的設置工作'../configure -b 64 -t 8 -Fa alg -fpic -A x86_64 -D c -DpentiumCPS = 3500 -Si latune 1 --prefix =/usr/local/lib64 --with-netlib-lapack-tarfile =/opt/maths/lapack-3.4.2.tgz'我得到這些錯誤。

OS configured as Linux (1) 

Assembly configured as GAS_x8664 (2) 

Vector ISA Extension configured as AVXMAC (3,504) 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 
/bin/sh: line 1: 13849 Segmentation fault  ./xarchinfo_linux -a > config0.out 
make[3]: *** [atlas_run] Error 139 
make[2]: *** [IRunArchInfo_linux] Error 2 

Architecture configured as UNKNOWNx86 (35) 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 

Clock rate configured as 3500Mhz 
Parallel make command configured as '$(MAKE) -j 8' 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 
Cannot detect CPU throttling.

阿特拉斯使得Make.inc，如果我fgrep命令F77和F77的標誌我得到 'gfortran-4.7' 和 '-O -mavx -fpic -m64'。也許-mavx標誌處理AVXMAC錯誤？我需要-mavx嗎？我會用我的指示繼續...

來源

2013-04-05 Matt Thornton

有替代Atlas;你可以嘗試OpenBLAS。 – 2013-04-05 21:04:44

謝謝德克！我讀了你的比較文件。在本文中，您使用Ubuntu軟件包管理器突觸來安裝libatlas3gf。我正在使用OpenSUSE 12.2，但尚未找到libatlas3gf。你是否手動編譯了帶有pthreads的ATLAS？我認爲也許我已經被愚弄了，認爲花費9個小時來進行「構建」，所有標準輸出，標準錯誤和「調整」都會導致更少的錯誤或更快的BLAS。我將研究OpenBLAS。我想知道現在是否可以使用OpenMP進行安裝。 – 2013-04-05 22:15:06

不，在Debian/Ubuntu中，您可以在BLAS實現之間輕鬆選擇。 – 2013-04-06 00:08:51

（不是一個真正的答案，但難以閱讀的評論）：對德克的建議

一些更多的考慮使用OpenBLAS。

我也使用OpenBLAS（在Ubuntu和CentOS系統上）。

一個考慮是在8噸12核的機器對我來說重要的是，OpenBLAS允許線程數的動態環境中使用，這ATLAS doesn't。爲了從R中設置dynamicall的線程數，我使用了Simon Fuller's OpenBLASThreads。
OpenBLAS在兩個系統上構建都非常簡單。
二進制.deb包可用，但上次我檢查它們時，它們的最大線程數設置爲2. However, this is going to change。到目前爲止，我還在大於2個核心的Ubuntu機器上構建了源代碼庫。

來源

2013-04-06 12:47:42 cbeleites

謝謝你的回覆。我去了openblas，我正在努力解決一些錯誤。請去http://stackoverflow.com/questions/15868191/openblas-openmp-and-r-is-there-a-decent-test – 2013-04-07 21:46:52

帶多線程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安裝？

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