r循環後出現rbind錯誤

我有兩個文件。文件1有56632行4列，看起來像：r循環後出現rbind錯誤

Id Chr TSS TES 
ENSG00000210049 1 63987904 63989904 
ENSG00000211459 1 63984904 63985904 
ENSG00000210077 1 58941831 58991831

和文件2有28895行3列，看起來像：

CHR snps POS    
1 rs17125090 63988904 
1 rs7546938 64677853 
1 rs3087585 58971831

我想運行一個嵌套的循環爲了爲文件2中的每一行查找文件1中具有字段3中值最接近文件2中字段3中值的行，假定文件1中的字段2和文件2中的字段1正在匹配。我的代碼是：

genes<-read.table("file1",header=T) 
snps<-read.table("file2",header=T) 

df<-data.frame() 

for(i in 1:10){ 
    i.genes<-data.frame() 
    i.dist<-data.frame() 
    for(j in 1:56632){ 
     if((snps[i,1]==genes[j,2]) & (abs(snps[i,3]-genes[j,3])<2000000)){ 
      i.genes<-rbind(i.genes,genes[j,1:3]) 
      i.dist<-rbind(i.dist,abs(genes[j,3]-snps[i,3])) 
      i.df<-cbind(i.genes,i.dist) 
     } 
    } 
    i.df<-i.df[order(i.df[,4]),] 
    i.df<-i.df[1,] 
    i.df2<-cbind(snps[i,1:3],i.df) 
    colnames(i.df2)<-NULL 
    df<-rbind.data.frame(df,i.df2) 
} 
write.table(df,"test.df",quote=F,row.names=F)

，我發現了錯誤Error in pi[[j]] : subscript out of bounds爲線df<-rbind.data.frame(df,i.df2)。有人能指出哪裏出了問題嗎？

所需的輸出：

1 rs17125090 63988904 ENSG00000210049 1 63987904 1000 
1 rs7546938 64677853 ENSG00000210049 1 63987904 689949 
1 rs3087585 58971831 ENSG00000210077 1 58941831 30000

來源

2016-11-23 theo4786

你在你的文件中寫道3個名1表示它有4列。 –

這將有助於如果你減少你的代碼重現性的例子根據這個：http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example – Bulat

所以，你想只保留文件2中的那些行滿足您的條件，對嗎？你想要的輸出是什麼？ –

我想這是你在找什麼（這比我預期這是一個有點冗長） -

# First file as a data frame 
df1 <- data.frame("Id"=c("ENSG00000210049","ENSG00000211459","ENSG00000210077"), 
       "Chr"=c(1,1,1), "TSS"=c(63987904,63984904,58941831)) 

# Second file as a data frame 
df2 <- data.frame("CHR"=c(1,1,1), "snps"=c("rs17125090","rs7546938","rs3087585"), 
       "TES"=c(63988904,64677853,58971831)) 

# Join matching rows in second file 
df2[c(names(df1),"diff")] <- data.frame(t(sapply(seq_along(df2$TES), function(x) 
         { 
         cbind(df1[which.min(abs(df2[x,"TES"] - df1[df1$Chr %in% df2[x,"CHR"], "TSS"])),], 
           min(abs(df2[x,"TES"] - df1[df1$Chr %in% df2[x,"CHR"], "TSS"]))) 
         })))

來源

2016-11-23 23:51:48

您可能需要將第一個文件中的列名'TES'更改爲其他內容，也許是'TES1'。 –

謝謝。輸入數據幀有點不對，但我能夠實現which.min來使我的代碼工作。 – theo4786

r循環後出現rbind錯誤

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