在Bash中使用指定路徑對目錄進行迭代

pathToBins=$1 

bins="${pathToBins}contigs.fa.metabat-bins-*" 

for fileName in $bins 
do 
    echo $fileName 

done

我的目標是爲我的文件名添加一個路徑。當我不附加路徑時，我可以迭代文件夾並獲取文件名。我的挑戰是當我添加路徑回聲文件名我的正則表達式不再有效，我得到「/home/erikrasmussen/Desktop/Script/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*」，其中正則表達式'*'被視爲一個串。如何在遍歷文件的文件夾時獲取路徑以及完整的文件名？在Bash中使用指定路徑對目錄進行迭代

來源

2016-06-21 Erik R

雖然我真的不知道你的文件的排列在硬盤上，隨便看一眼"/home/erikrasmussen/Desktop/Script/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*"表明，它缺少contigs前/。如果是這樣的話，那麼您應該箱的定義修改爲：

bins="${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*"

然而，這是更強大，而不是使用依賴於文件名不包括空格和元bash的陣列。所以我建議：

bins=(${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*) 
for fileName in "${bins[@]}" 
do 
    echo "$fileName" 
done

猛砸通常不擴大不匹配任何文件，所以在這種情況下，你會看到原始圖案的圖案。如果使用上面的數組公式，可以設置bash選項nullglob，這將導致不匹配的模式消失，而是留下一個空數組。

來源

2016-06-21 17:42:16 rici

對數組符號的任何優點：'for fileName in「$ {pathToBins}」/ contigs.fa.metabat-bins- *;做echo「$ fileName」; done'？如果稍後需要數組，那麼將其保存一次會更好，但是如果信息只用了一次，則不需要將其保存在數組中。（我同意數組應該比他們使用更頻繁，但是。） –

@JonathanLeffler：我同意，如果'bin'不會被重用，那麼創建它就沒有意義了。我只是試圖保持與OP的並行，其中'bins'是故意創建的，但是作爲一個字符串而不是一個數組。我（可能錯誤地）認爲這個問題是一個片段，並且在最後的腳本中'bins'將被多次使用。 – rici

在Bash中使用指定路徑對目錄進行迭代

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