R - 素食套餐。 metaMDS錯誤

Question

我想知道爲什麼即時得到這個錯誤運行metaMDS：

'通訊' 具有負的數據： 'autotransform'， 'noshare' 和 'wascores' 設置爲FALSE

我想要做NMDS和樹狀圖，但是可以用上面的錯誤來做。

我的數據集可供下載，如果有人想檢查DATASET。導入數據後，我轉置了列和行。之後，在嘗試運行metaMDS之前，我用O替換了NA值。

abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)   
    abundance[is.na(abundance)] <- 0 
    abundance_trans <- t(abundance) 
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50) 

Answer 1

1. 這不是錯誤信息，但信息：metaMDS告訴你，你有消極的數據項，也不會做出一些技巧，它默認做非負數據。
2. 第二個問題是你要求Bray-Curtis的不同之處，它只適用於非負數據。

你有兩種選擇：要麼處理負值，要麼使用不同的度量來處理它們。如果你認爲你沒有負面數據，那麼你錯了：電腦知道。閱讀數據時可能會有錯誤，並且您可能有不應該有的列或行。檢查你的數據。