如何匹配和排序的文件2行中的R

Question

好吧最好file1中，所以這將是難以解釋的。請隨身攜帶，並根據需要提出儘可能多的問題。

我有兩個文件。每個文件都包含一定數量的行和列。每個文件中的第二列包含一個唯一的GENE ID，它們在兩個文件中都是相同的（它們只是在不同的行中）。因此，例如，

文件1可能在第3行（在第二列）中具有基因「LINC00273」，而文件2在第4002行（在第二列中）可能具有「LINC00273」。

我想要做的是我想對文件2進行排序，以便如果文件1行1中的第一個GENE是「VAGAB」，那麼文件2行1的第一個GENE是整個行的「VAGAB」完好無損（該行有覆蓋信息，所以我需要相應地移動數字）。

例如：文件1 [＃]對應於行數

[1] GENE100X VAGAB VAGAB 1.0 1.0 1.0 5.0 11198.0 
... 
[5000] GENE900X ZZZZ ZZZZ 1.0 0 4.2 1.0 78.0 

文件2

[1] GENE44X AAAA AAAA 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 
... 
[5000] GENE106X VAGAB VAGAB 5.0 5.0 5.0 1.0 55.0 

文件2所述的預期的輸出將是：

[1] GENE106X VAGAB VAGAB 5.0 5.0 5.0 1.0 55.0 
... 
[5000] GENE300X ZZZZ ZZZZ 88.0 88.0 1.0 1.0 1.0 

所有文件是製表符分隔的。示例中的所有數字（行號和列號）都由它們組成。唯一不會改變的列是第2列和第3列，這兩個文件都是相同的，所以我想用這些排序。

我不想創建第三個文件，如果能有所幫助。我只是希望文件2中的行與文件1中的行相同，並且執行此操作的方法是通過兩個文件的第2列中找到的「基因」名稱來匹配它們。

[R解決方案的首選因爲這是我正在學習，但我會採取任何解決方案中的任何語言，然後我就可以使用它作爲模板來與我自己的R解決方案的實踐之後。

Answer 1

讓我們建立了一些示例數據第一：

file1 <- data.frame(id=1:3,name=letters[c(3,1,2)]) 
# id name 
#1 1 c 
#2 2 a 
#3 3 b 

file2 <- file1[c(2,3,1),] 
file2$id <- paste("two",file2$id,sep="") 
# id name 
#2 two2 a 
#3 two3 b 
#1 two1 c 

然後用01匹配行：

file2[match(file1$name,file2$name),] 
# id name 
#1 two1 c 
#2 two2 a 
#3 two3 b 

基本上是一樣的合併所有針對file1數據的匹配行file2數據。

merge(file1["name"], file2, by="name", sort=FALSE) 
# name id 
#1 c two1 
#2 a two2 
#3 b two3 

Answer 2

負荷（下面使用樣本數據）這兩個文件到數據幀。

file1 <- data.frame(id=1:3,name=letters[c(3,1,2)]) 
file2 <- file1[c(2,3,1),] 

然後你就可以定義排序順序與因素：

file1$name <- factor(file1$name, levels = file1$name) 
file2$name <- factor(file2$name, levels = file1$name) 

然後排序文件2：

file2 <- file2[with(file2, order(name)) , ]