全局符號和明確包名難以解決

Question

我需要幫助調試下面顯示的代碼。我已經問過這個問題的類似版本，但我還沒有能夠開發一個可行的腳本。我的輸入文件是這樣的：

一號線
AAAAAAAAAAAAAAA
2號線
BBBBBBBBBBBBBBB
3號線
CCCCCCCCCCCCCCC
4號線
DDDDDDDDDDDDDDD

我想腳本隨機洗牌文件中的行，如：

2號線
BBBBBBBBBBBBBBB
一號線
AAAAAAAAAAAAAAA
4號線
DDDDDDDDDDDDDDD
3號線
CCCCCCCCCCCCCCC

該文件中有相當多的線（〜1,000,000）。目前，我得到以下錯誤：

Global symbol "$header_size" requires explicit package name at fasta_corrector9.pl line 40. 

和

Global symbol "$header_size" requires explicit package name at fasta_corrector9.pl line 47. 

我不知道如何給$header_size一個明確的包名。我不是程序員，所以我需要非常基本的解釋。提前致謝。

#! /usr/bin/perl 

use strict; 
use warnings; 

print "Please enter filename (without extension): "; 
my $input = <>; 
chomp($input); 

print "Please enter total no. of sequence in fasta file: "; 
my $orig_size = <> * 2 - 1; 
chomp($orig_size); 

open(INFILE, "$input.fasta") or die "Error opening input file for shuffling!"; 
open(SHUFFLED, ">" . "$input" . "_shuffled.fasta") 
    or die "Error creating shuffled output file!"; 

my @array = (0); # Need to initialise 1st element in array1&2 for the shift function 
my @array2 = (0); 
my $i  = 1; 
my $index = 0; 
my $index2 = 0; 

while (my @line = <INFILE>) { 
    while ($i <= $orig_size) { 

     $array[$i] = $line[$index]; 
     $array[$i] =~ s/(.)\s/$1/seg; 

     $index++; 
     $array2[$i] = $line[$index]; 
     $array2[$i] =~ s/(.)\s/$1/seg; 

     $i++; 
     $index++; 
    } 
} 

my $array = shift(@array); 
my $array2 = shift(@array2); 
for $i (reverse 0 .. $header_size) { 
    my $j = int rand($i + 1); 
    next if $i == $j; 
    @array[$i, $j] = @array[$j, $i]; 
    @array2[$i, $j] = @array2[$j, $i]; 
} 

while ($index2 <= $header_size) { 
    print SHUFFLED "$array[$index2]\n"; 
    print SHUFFLED "$array2[$index2]\n"; 
    $index2++; 
} 
close(INFILE); 
close(SHUFFLED); 

Answer 1

簡單地說，你在你的代碼中使用$header_size，但沒有告訴Perl的什麼$header_size到底是。這正是爲什麼use strict;是高度建議，否則它會被默默地視爲一個未定義的值（0在數字上下文中）。

perldoc perldiag理解這些消息是有用的：

全球符號 「％s」 需要明確的包名

（F）你說： 「use strict」 或 「use strict vars」，這指示 所有變量都必須是詞法範圍的（使用「my」或 「state」），事先使用「our」聲明或明確限定爲 說明全局變量在哪個包中（使用「::」）。

將此應用於手頭的問題，$header_size尚未初始化。在這種情況下要做的事情是在你使用它之前分配my $header_size = $some_value;，或者如果你真的想讓它不確定，就簡單地使用my $header_size;。

Answer 2

與大小的文件，要做到這一點，最簡單的方法是使用Tie::File以允許對數據文件

使用的O_RDWR模式的線隨機存取防止這個文件，如果它不」創建牛逼存在

另外，從List::Util的shuffle功能可以讓你隨機重新排序的原始文件記錄

use strict; 
use warnings; 

use Tie::File; 
use Fcntl 'O_RDWR'; 
use List::Util 'shuffle'; 

tie my @source, 'Tie::File', $ARGV[0], mode => O_RDWR, autochomp => 0 
    or die "Unable to open file '$ARGV[0]': $!"; 

for my $line (shuffle 1 .. @source/2) { 
    printf "line %d\n", $line; 
    print $source[$line * 2 - 1]; 
} 

這個節目S的索引HOULD運行爲

perl shuffle.pl infile > outfile 

Answer 3

根據您的腳本（fasta_corrector9.pl）的名稱，以及文件的格式，我會認爲你正在做與FASTA序列東西。如果那是真的，我認爲你應該真的瞭解CPAN上的Bio命名空間。擁有這些開放格式規範的重點在於人們編寫工具來操縱格式並免費提供給您。在這種情況下，您應該強烈考慮使用Bio::DB::Fasta作爲結構化數據訪問您的FASTA文件。

my $stream = Bio::DB::Fasta->new('/path/to/files')->get_PrimarySeq_stream; 
while (my $seq = $stream->next_seq) { 
    # now you are streaming through your FASTA sequences in order. 
    # You can accomplish shuffling with O(1) space complexity in this loop. 
}