按降序列表顯示相關表

Question

當在具有大量變量的時間序列上運行cor（）時，我得到一個表格，每個變量都有一行和一列，顯示它們之間的相關性。

如何查看此表格作爲從最相關到​​最不相關的列表（消除所有NA結果和映射回自己的結果（即A到A的相關性））。我也想把倒數（負數）的結果作爲絕對值，但仍然顯示爲負值。

因此所需的輸出會是這樣的：

A,B,0.98 
A,C,0.9 
C,R,-0.8 
T,Z,0.5 

Answer 1

這裏有很多方面我能想到這樣做的。我使用的重塑包，因爲melt()語法是容易的，我記得，但melt()命令可以很容易地與基礎R命令來完成：

require(reshape) 
## set up dummy data 
a <- rnorm(100) 
b <- a + (rnorm(100, 0, 2)) 
c <- a + b + (rnorm(100)/10) 
df <- data.frame(a, b, c) 
c <- cor(df) 
## c is the correlations matrix 

## keep only the lower triangle by 
## filling upper with NA 
c[upper.tri(c, diag=TRUE)] <- NA 

m <- melt(c) 

## sort by descending absolute correlation 
m <- m[order(- abs(m$value)), ] 

## omit the NA values 
dfOut <- na.omit(m) 

## if you really want a list and not a data.frame 
listOut <- split(dfOut, 1:nrow(dfOut)) 

Answer 2

使用基礎R（其中cors是相關矩陣）：

up <- upper.tri(cors) 
out <- data.frame(which(up, arr.ind=TRUE), cor=cors[up]) 
out <- out[!is.na(out$cor),] 
out[order(abs(out$cor), decreasing=TRUE),] 

Answer 3

用您的關聯調用替換...。

library(reshape) 
x <- subset(melt(cor(...)), value != 1 | value != NA) 
x <- x[with(x, order(-abs(x$value))),] 

如果你要在你的相關性有很多NA的，也許嘗試使用您的相關調用use="complete.obs"說法。