R繪製kmeans與熱圖聚類

我想用kmeans聚類矩陣，並能夠將其繪製爲熱圖。這聽起來很瑣碎，我看過很多這樣的情節。我嘗試過google，但是找不到方法。R繪製kmeans與熱圖聚類

我希望能夠在此圖上繪製類似面板A或B的內容。假設我有一個250行5列的矩陣。我不想聚集列，只是行。

m = matrix(rnorm(25), 250, 5) 

km = kmeans(m, 10)

那麼我該如何繪製這10個集羣作爲熱圖？您的意見和幫助不僅僅是歡迎。

謝謝。

enter image description here

來源

2011-02-22 Benoit B.

這個問題是類似於這個（http://stackoverflow.com/q/5687891/597069），它有很好的答案。 – tflutre 2011-11-03 23:04:33

看看[這個問題]（http://stackoverflow.com/q/6673162/707145） – MYaseen208 2012-07-02 23:34:00

類似下面應該工作：

set.seed(100) 
m = matrix(rnorm(10), 100, 5) 
km = kmeans(m, 10) 
m2 <- cbind(m,km$cluster) 
o <- order(m2[, 6]) 
m2 <- m2[o, ] 
library(pheatmap) # I like esoteric packages! 
library(RColorBrewer) 
pheatmap(m2[,1:5], cluster_rows=F,cluster_cols=F, col=brewer.pal(10,"Set3"),border_color=NA)

heatmap created using the pheatmap pacakge

來源

2011-02-23 11:15:02 Paolo

感謝Paolo的回覆。但是我有點困惑，爲什麼我們要放鬆情節中的5列？ – 2011-02-23 14:07:51

我們不是！嘗試：pheatmap（m2 [，1：5]，cluster_rows = F，cluster_cols = F，col = brewer.pal（10，「Set3」）） – Paolo 2011-02-23 14:26:01

我認爲這兩個數字都應該來自兩個數字組合。左邊是熱圖，右邊是基於聚類結果的顏色。當然，數據應該按照簇的結果進行重新排序。順便說一句，這個問題與這個問題下面評論的兩個問題不相似。

來源

2014-09-19 21:30:52

R繪製kmeans與熱圖聚類

回答

相關問題