Pandas的故障？無法覆蓋值

所以我試着運行一個我之前開發的代碼，它使用熊貓很好地運行了很多次。Pandas的故障？無法覆蓋值

我的數據幀有一個自定義索引（具有唯一字符串值作爲索引，表示唯一標識符，在這種情況下表示單個蛋白質），文件名稱作爲列。然後，我使用迭代過程爲數據框中的某些單元格分配計數。所以，假設我有一個默認的字典（my_dict）和一個給定的無關鍵，值是[filename，protein，count]。

我有一個排序列表的文件名和一個排序的蛋白質列表，分別稱爲all_filenames和all_proteins。

import pandas as pd 
df = pd.DataFrame(index=all_proteins, columns=all_filenames) 

from collections import defaultdict 
my_dict = defaultdict(list) 

... (Assign values to the dictionary) 

for key in my_dict: 
    my_filename = my_dict[key][0] 
    my_protein = my_dict[key][1] 
    my_count = my_dict[key][2] 

    df[my_filename][my_protein] = my_count

但是，每當我打印DF，但由於某種原因，返回在此情況下（與適當的索引和文件名）完全空白，同時它不正常。

所以測試，我做了數據框以下：

>>> my_filename in df.columns.tolist() 
True 
>>> my_protein in df.index.tolist() 
True 
>>> df[my_filename][my_protein] 
nan 
>>> my_count 
3.0 
>>> type(my_count) 
<type 'numpy.float64'> 
>>> 
>>> df[my_filename][my_protein] = my_count 
>>> df[my_filename][my_protein] 
nan 
>>>

我已經試過DF [my_filename] .IX [my_protein]，DF [my_filename]的.loc [my_protein]，甚至創造一個自定義索引。

通常這個腳本工作正常。我的文件名通常是這樣的： beta_maxi070214_08，所以沒有空格或不是ASCII字符。

我的蛋白質名稱都是標準的，所有的名稱都在UniProtKB數據庫中，或者是兩個蛋白質之間的連接（即ACACA-ACACB）。

我不確定發生了什麼事。有沒有人有什麼建議？

編輯：下面是一個例子：

>>> my_filename 
'beta_orbi080714_05' 
>>> my_protein 
'ACACA:K1316-ACACA:K1363' 
>>> my_count 
3.0 
>>> type(my_count) 
<type 'numpy.float64'> 
>>> df[my_filename][my_protein] = my_count 
>>> df[my_filename][my_protein] 
nan 
>>>

來源

2014-10-22 Alexander Huszagh

什麼是my_column？這是僞代碼，還是你正在運行的確切代碼？ my_column在哪裏定義？ – Parker 2014-10-22 04:45:52

所以我基本上導入一個文件列表，並從文件中提取文件名。在這種情況下，我用一個我知道在列表中的文件來測試它。例如，'beta_maxi070214_08'是一個字符串和一個文件名，並且是列表all_filenames（也在列中）的一個組件。 – 2014-10-22 04:47:15

你沒有回答，什麼是my_column？它在哪裏定義？ – Parker 2014-10-22 04:48:48

嘗試： df.ix[my_filename,my_protein] = value

這樣做的原因（來自我的理解）是DF [ 'X'] [ 'Y']返回數據框的副本。所以你正在改變一個價值，但你正在改變一個副本的價值，這不會被放回去。

編輯：帝斯曼筆記，.loc和.iloc通常優於.ix，它有難以解釋的語義。還有一部分文檔專門用於解釋視圖與涉及複製問題http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/indexing.html#returning-a-view-versus-a-copy

來源

2014-10-22 04:56:20 Parker

你是正確的，這是正確的，我猥瑣複製和粘貼（對不起，我試圖在發佈前編輯它）。此列表由解析器生成，然後附加到列表（由我使用的代碼生成）。我已經打印列表文件，而調試時，它運作良好。 – 2014-10-22 04:57:59

已更新的答案。 – Parker 2014-10-22 05:00:19

非常感謝！它現在實際上工作。我仍然困惑至於爲什麼，但至少現在我可以更普遍地有一個功能的代碼。 – 2014-10-22 05:03:41

Pandas的故障？無法覆蓋值

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