2016-04-29 54 views
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我在Amazon EC2實例上託管的Redhat Linux上成功安裝了DeployR。我可以成功進入DeployR登陸頁面並選中診斷選項卡,它說DeployR正在運行,並且顯示正常。如何在Linux上運行的DeployR服務器上安裝R包(託管在Amazon EC2上)?

我測試過一個簡易R腳本並運行罰款DeployR,但現在我需要安裝RJDBC包:install.packages(「RJDBC」,DEP = TRUE)

的文檔不清晰的包管理:https://deployr.revolutionanalytics.com/documents/admin/r-package-mgmt/

它說:「在DeployR網格節點上手動運行此R腳本。」但不知道如何在網格節點上運行腳本。我如何訪問網格節點?

通常,需要關於如何爲DeployR安裝軟件包的指導。

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您的Amazon EC2實例是網格節點。 DeployR(企業版,不是開源版)可以運行在一組服務器上,每個服務器都是一個網格節點 –

回答

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如果您的DeployR安裝只有一臺服務器,那麼「網格節點」意味着您的服務器 - 只需通過SSH(或任何其他允許您訪問DeployR的東西)訪問並執行所需操作。

與DeployR在Linux上最典型的問題是開發包(那些有-devel後綴),所需要的編譯和構建R封裝是DeployR從CRAN庫中獲取源代碼(這是從Windows的主要區別可用性和已預編譯包二進制文件的Mac OSX)。

最簡單的方法是看RServe日誌(如<deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log),發現有錯誤消息(S)的一些庫不可用(-ies)(例如xcurl否則水木清華),然後安裝所需的RPM發展(對於我的示例,爲yum install xz-develyum install libcurl-devel)。

從錯誤消息中找出所需的軟件包名稱有時是一個相當大的挑戰。爲此,您可以採用不同的方式,例如如果您知道應該屬於它的某個文件名,您可以在基於RedHat的發行版或http://rpm.pbone.net/網站上查找包名稱,例如:yum search。如果出現錯誤消息curl-config: command not found,則可以在rpm.pbone.net中查找curl-config文件,並獲取相應軟件包名稱的提示。

下面是對DeployR一些最常用的開發包,我在亞馬遜的Linux AMI使用列表:

  • PCRE-devel的
  • XZ-devel的
  • 的bzip2-devel的
  • 的zlib -devel
  • libicu-devel的
  • 的libstdC++ - devel的
  • libcur 1-devel的
  • 的libxml2-devel的

由於亞馬遜Linux是基於RedHat的發行版,這些軟件包名稱應該適合你。

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