修改/文本操作使用SED，AWK或者vim

我試圖操縱從這個文本文件：修改/文本操作使用SED，AWK或者vim

>hg19_ct_UserTrack_3545_MACS_peak_2 range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA

要

>MACS_peak_2_range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA

我一直在使用SED和Vim得到它，但我不能得到我需要的第一行的空格或準確信息的組合（程序不工作沒有它）

謝謝哈里特

來源

2013-03-04 user1879573

是'MACS_peak_2'動態？這部分是否有任何規定？ – Kent 2013-03-04 10:34:34

據我所知，沒有規則;在xx的峯值處，DNA序列在標題 – user1879573 2013-03-04 10:46:36

使用AWK（因爲肯特提供的SED溶液）

awk '/^>/sub(/hg19_ct_UserTrack_3545_/, "")' input

要改變第一空間到下劃線，加另一子：

awk '/^>/sub(/hg19_ct_UserTrack_3545_/, "");sub(/ /, "_")' input

sed可能是一個be解決這個問題。

來源

2013-03-04 10:44:39

根據示例，還有一個空間需要更改爲'peak_2'和'range'之間的下劃線。 – Scrutinizer 2013-03-04 11:04:41

如果MACS_peak_2是固定的字符串：

sed 's/>.*MACS/>MACS/; s/ /_/' file

會做的工作：

kent$ echo ">hg19_ct_UserTrack_3545_MACS_peak_2 range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA"|sed 's/>.*MACS/>MACS/; s/ /_/' 
>MACS_peak_2_range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA

，如果你想做到這一點在VIM：

:g/^>hg/s/hg.*MAC/MAC/|s/ /_/

此行會替換所有以>hg開頭的行，試試吧。

來源

2013-03-04 10:36:41 Kent

下方列出。否，MACS_peak_2不固定，MACS_peak部分是數字改變（它們基本上是從下面的文本中提取的座標的名稱） – user1879573 2013-03-04 10:41:02

好的，無所謂，只要MACS是固定的，這兩種解決方案都適合你。嘗試一下。 – Kent 2013-03-04 10:44:33

謝謝。我已經試過Vim的，但我得到一個奇特的標題：> MACS_peak_718_range = chr19_gl000208_random：192-392 5'pad = 0 3'pad = 0股= + repeatMasking =無 AATGAACCCTTGCAGATACTAGAGAAAGACTGTTTCAAAACTGCTCTATC 我需要保持MACS_peak_2_range = CHR1：777590 -777790完全一樣。謝謝 – user1879573 2013-03-04 10:47:57

下面做一個就地替換。在你執行命令後，文件將被改變。

perl -pe 's/^\>.*?(MACS_peak.*)/>$1/g' your_file

看到測試下面：

> cat temp 
>hg19_ct_UserTrack_3545_MACS_peak_2 range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA 
> 
> 
> 
> 
> perl -pe 's/^\>.*?(MACS_peak.*)/>$1/g' temp 
>MACS_peak_2 range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA 
> 
> 
> 
> perl -pi -e 's/^\>.*?(MACS_peak.*)/>$1/g' temp 
> 
> 
> 
> cat temp 
>MACS_peak_2 range=chr1:777590-777790 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
TCCACCCACCGAAGTTGTTTGGTCCCAATCTGCAAAATCAGTTAAACGTC 
TTCCTGCCTGGCAGCAGATCAAAGGGTGAGGGGTCTGGGACAGACAGAGA 
CGGCTAGAGAATGGATGGTGAAGTGCTCAGAGGCCCTGTGGGCTATCCCA 
>

來源

2013-03-04 10:42:36 Vijay

修改/文本操作使用SED，AWK或者vim

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