適合我的數據的Logistic迴歸模型

我想從出版物中複製一張類似的圖表。圖爲％存活（在y軸）和時間（X軸）適合我的數據的Logistic迴歸模型

我的目標圖形

這是我的數據和腳本：

dat <- read.table(text= "G Time Survival 
1 0 93 
1 3 90 
1 9 2 
1 15 1 
1 20 0 
1 25 0 
1 30 1 
1 35 0 
1 40 0 
1 45 0 
1 55 0 
1 65 0 
2 0 100 
2 3 100 
2 9 100 
2 15 98 
2 20 99 
2 25 98 
2 30 97 
2 35 97 
2 40 95 
2 45 76 
2 55 72 
2 65 66 
3 0 97 
3 3 94 
3 9 80 
3 15 26 
3 20 20 
3 25 0 
3 30 0 
3 35 0 
3 40 1 
3 45 0 
3 55 0 
3 65 0 
4 0 94 
4 3 81 
4 9 35 
4 15 19 
4 20 5 
4 25 2 
4 30 0 
4 35 0 
4 40 0 
4 45 1 
4 55 0 
4 65 0 
5 0 96 
5 3 96 
5 9 97 
5 15 96 
5 20 93 
5 25 95 
5 30 89 
5 35 99 
5 40 92 
5 45 87 
5 55 63 
5 65 63 
6 0 95 
6 3 94 
6 9 99 
6 15 92 
6 20 81 
6 25 80 
6 30 64 
6 35 41 
6 40 48 
6 45 12 
6 55 22 
6 65 19 
7 0 97 
7 3 96 
7 9 92 
7 15 92 
7 20 94 
7 25 79 
7 30 74 
7 35 56 
7 40 50 
7 45 20 
7 55 2 
7 65 0 
8 0 95 
8 3 84 
8 9 13 
8 15 10 
8 20 3 
8 25 6 
8 30 7 
8 35 4 
8 40 0 
8 45 0 
8 55 0 
8 65 0", header = TRUE)

attach(dat) 
library(ggplot2) 

ggplot(data=dat) + 
     geom_point(mapping=aes(x=Time,y=Survival)) + 
     facet_wrap(~ G, nrow=2) 

ggplot(data=dat) + 
     geom_point(mapping=aes(x=Time,y=Survival)) + 
     geom_smooth(mapping = aes(x=Time,y=Survival),method="glm", family = binomial, se = FALSE, fill=NA) + 
     facet_wrap(~ G, nrow=2)

此結果如下圖所示：

所以，朋友們，請幫我適應邏輯迴歸模型像在第一張照片。

來源

2017-06-16 Prasad

您的數據樣本提供了時間百分比存活率。你有關於你的摘要數據來源於個人的基礎數據嗎？如果是這樣，你應該使用適當的生存模型對這些數據建模。生存模式將爲您提供一個可以繪製的生存曲線。 – eipi10

在繪製數據之前最好考慮如何建模數據;你確定你應該使用邏輯迴歸？一種可能的選擇是使用邏輯函數，其中參數使用nls進行估計。所以將平滑度改爲'geom_smooth（method =「nls」，formula = y〜100 /（1 + exp（-a *（x-b）））， se = FALSE，fill = NA，method.args = list （start = c（a = -0.05，b = 50）））'。要查看您可以在圖形之外建模的參數：'library（nlme）; m = nlsList（生存〜100 /（1 + exp（-a *（時間-b）））| G，data = dat，start = c（a = -0.05，b = 50），na.action = na .omit）; coef（m）' – user20650

親愛的朋友，非常感謝你的回答。每個時間點的數據都是兩次複製的平均值。我有基礎數據。但是我想使用邏輯功能，所以我會盡量使用代碼，並在需要幫助時回覆給您。你很熱心。非常感謝 – Prasad

您是否想要適合實際的模型，或者您是否想要生成如示例圖像中的曲線？如果是後者，則可以在geom_smooth（）參數中使用「黃土」（一種分段線性模型）。

來源

2017-06-16 18:39:33

感謝您的回答。我使用了geom_smooth（），但我不想讓這條線配上'黃土'。我想要適合一個實際的模型。 – Prasad

適合我的數據的Logistic迴歸模型

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