基於列內部值過濾文件

在UNIX中，我想根據第3列中的「DP」值過濾我的3列文件。我想僅獲得具有DP值高於7基於列內部值過濾文件

A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00; 
T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000; 
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

我在這裏使用行「|」我的三列之間的分離

來源

2014-09-12 Roy

這裏有一個簡單的解決方案

$ echo "A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00; 
AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000; 
MLEAC=6;" \ 
| awk '{dpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal); if (dpVal>7) print}'

輸出

T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000; 
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

這使得每行（$ 0）的複印件，除掉一切DP=面前，尾隨;該字段的字符後的所有內容，只留下DP的值。該值進行測試，如果真打印整條生產線（AWK print的默認操作是打印整條生產線，但你可以告訴它來打印你喜歡的東西，也許變種print "Found it:" $0或zillons。

編輯

我想保持所有的第一線53和完整，以及將它們保存到我的Output.txt的文件。

是的，很容易，你是在正確的軌道上。用awk是很容易有多個條件的過程d文件中的不同部分或條件。試試這個：

awk 'FNR <= 53 {print} 
    FNR > 53 { 
     vpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal) 
     if (dpVal>7) print 
    }' File.vcf > Output.txt

（我沒有一個文件來測試，所以讓我知道如果這是不正確的）。

IHTH

來源

2014-09-12 21:42:30 shellter

謝謝，它的偉大工程 - 但我需要給它添加另一個層面：我目前使用的命令是：AWK 'FNR> 53' File.vcf | awk的「{dpVal = $ 0 ; sub（/.* DP = /，「」，dpVal）; sub（/;.*$/，「」，dpVal）; if（dpVal> = 6）print}'> Output.txt正如你所看到的，我從第54行開始運行過濾器。我想保留所有前53行完好並保存到我的Output.txt文件中。我可以使用一個命令班輪嗎？ – Roy 2014-09-15 15:41:57

@羅伊，看我的編輯，有幫助嗎？祝你好運。 – shellter 2014-09-16 16:07:02

我試過了：awk'FNR <= 55 {print}; FNR> 55 {vpVal = $ 0; sub（/.* DP = /，「」，dpVal）; sub（/;.$$/，「」，dpVal）; if（dpVal> = 6）print}'threePatients.vcf> Output.txt但是，雖然沒有錯誤消息 - 我只得到第一部分的工作，這意味着 - 我只是在Output.txt文件中獲得了55個標題行，該命令的其餘部分似乎不起作用。（頭像-n 55 threePatients.vcf && awk'FNR> 55'threePatients.vcf | awk'{dpVal = $ 0; sub（/.* DP = /，「」，dpVal）; sub（/;.*$/，「」，dpVal）; if（dpVal> = 6）print}'）> threePatients.MinimalDP6.vcf – Roy 2014-09-17 14:50:00

基於列內部值過濾文件

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