蟒蛇allensdk神經元模型

我下載艾倫神經元模型： NR5A1 Cre重組菲斯普層2/3 473862496蟒蛇allensdk神經元模型

安裝蟒蛇與所有需要的軟件包，具有神經元： https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

現在怎麼辦我用allensdk包通過神經元來運行他們的模型，

他們有一種解釋： http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但我到底在哪裏寫這個代碼？蟒蛇？ Anaconda promt？蜘蛛？

不是蟒蛇沒有Anaconda接受代碼原樣，所以我想我需要首先訪問allensdk包，我該怎麼做？

謝謝。

來源

2016-09-21 R.G.

你有沒有使用過Spyder？ IPython的？我想這取決於你想使用什麼工具。這聽起來像一個開放式問題，沒有太多細節。你之前用Python編碼過嗎？ –

下一個問題請實際顯示真正的錯誤信息，好吧，不是「它不接受代碼！」。你可能不認爲這是件大事，但事實確實如此。 –

你應該編輯你的問題並把代碼放入問題中，你不應該把代碼放在註釋中。請閱讀關於StackOverflow的一些信息，您可以節省大家的時間。你應該花一些時間習慣Python。例如，格式（什麼是行，什麼是縮進的東西）非常重要。事實上，即使不將代碼格式化爲註釋，也不會讓人意識到Python的許多基礎知識。 –

感謝您的提問。文檔鏈接中的第一個示例顯示瞭如何下載模型，就像您可能已經完成的一樣。我通過編寫一個python腳本並從命令提示符運行它。

腳本是這樣的：

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi 

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file 
neuronal_model_id = 473862496 # here's your model 
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model')

您可以從命令提示符下運行這個（Anaconda的命令提示符是罰款）如下：

$ python <your_script_name.py>

向下移動的文件，下一步到運行該模型是運行在命令提示的情況如下：

$ cd neuronal_model 
$ nrnivmodl ./modfiles # compile the model (only needs to be done once) 
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json

首先進入您在第一個腳本中指定的工作目錄。

接下來你運行一個編譯你的modfiles的NEURON二進制文件（nrnivmodl）。您需要安裝帶有python綁定的NEURON，並在PATH上運行它。我不確定這一點，但我認爲在Windows中編譯modfiles需要不同的命令/工作流程。如果這是你的操作系統，我必須在這裏提及你因爲我不是太熟悉的神經元在Windows上：

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

接下來您調用基於運行模式的allensdk包裝的腳本我們在第一個腳本（manifest.json）中下載的一個文件。

來源

2016-10-12 17:12:38 davidf

謝謝大衛。 –

蟒蛇allensdk神經元模型

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