編寫一個VTK ASCII傳統文件在VisIt中繪製輪廓

Question

我正在嘗試使用C編寫一個傳統的.vtk文件來讀入VisIt。不幸的是，我安裝的VisIt程序拒絕呈現我寫的VTK文件，內容如下： '本地主機失敗'

下面是用於從一個文件中讀取數據並將其轉換爲傳統VTK文件的代碼。我使用宏XPIX，YPIX和ZPIX來描述像素網格的尺寸。每個像素都包含一個標量密度值。我列出的像素在「網格文件」使用行主要順序：即

int list_index(x,y,z) = YPIX * ZPIX * x + ZPIX * y + z; 

在這個像素列表中的每個條目被讀取到一個數組叫類型的grid[]雙，並寫入outfile遺留下VTK頭數據：

/*Write vtk header */               
fprintf(outfile,"# vtk DataFile Version 3.0\n");         
fprintf(outfile,"Galaxy density grid\nASCII\nDATASET STRUCTURED_POINTS\n");  
fprintf(outfile,"DIMENSIONS %d %d %d \n", (XPIX+1), (YPIX+1), (ZPIX+1));   
fprintf(outfile,"ORIGIN 0 0 0\n");            
fprintf(outfile,"SPACING 1 1 1\n");//or ASPECT_RATIO        
fprintf(outfile,"CELL_DATA %d\n", totalpix);          
fprintf(outfile,"SCALARS cell_density float 1\n");        
fprintf(outfile, "LOOKUP_TABLE default\n");          

/*Create Memory Space to store Pixel Grid*/          
double *grid;                 
grid = malloc(XPIX * YPIX * ZPIX * sizeof(double));        
if (grid == NULL){                
    fprintf(stderr, "Pixel grid of type double failed to initialize\n");   
    exit(EXIT_FAILURE);               
}                    
fprintf(stderr,"Pixel grid has been initialized.\n Now reading infile\n");  

/*Read infile contents into double grid[], using Row-Major Indexing*/   
double rho;                  
char newline;                 
int i, j, k;                  
for(i = 0; i < XPIX; i++){              
    for(j = 0; j < YPIX; j++){              
    for(k = 0; k < ZPIX; k++){             
     fscanf(infile, "%lf", &rho);            
     grid[getindex(i,j,k)] = rho;            
    }                   
    }                    
    fprintf(stderr,"%d\n", i);              
}                    
fprintf(stderr,"Finished reading\n");           

#if !DEBUG                  
/*Write out grid contents in Row major order*/         
fprintf(stderr,"Now writing vtk file");           
for(i = 0; i < XPIX; i++){              
    for(j = 0; j < YPIX; j++){              
    for(k = 0; k < ZPIX; k++){             
     fprintf(outfile, "%lf ", grid[getindex(i,j,k)]);       
    }                   
    fprintf(outfile,"\n");              
    }                    
}                    
fprintf(stderr,"Finished Writing to outfile\n");         
#endif 

通過該程序運行網格數據列表後，我有XPIX*YPIX線在lookup_table，每個ZPIX條目。這是一個不正確的格式？ VisIt繼續閱讀輸入文件失敗。我知道structured_points可能使用列主要索引，但我的第一個目標當然是從VisIt獲得某種結果。我想最終使用標量cell_density繪製輪廓。我的數據集是否太大？

Answer 1

你見過vtk data format error這個問題的答案嗎？問題是在C++中調試VTK編寫器，但它與代碼很相似（當然應該產生相同的結果）。

從接受的答案，關鍵的一點是，數據被寫入列重大秩序，不行優先順序（你似乎在這個在你的問題暗示：「我所知道的一個事實，即structured_points可能使用列主要索引「）。

此外，它總是有幫助的（如果可以的話）比較你的代碼和你知道的東西。例如，VisIt提供了一個用於編寫傳統VTK文件格式（稱爲VisItWriterLib）的小型C庫。比較代碼和VisItWriterLib的輸出以查看數據文件的不同位置。我建議使用VisItWriterLib來完成VTK IO，而不是編寫自己的例程 - 不需要重新發明輪子。

編輯：要回答幾個您的其他問題：

After running the grid data list through this routine, I have XPIX*YPIX lines in the lookup_table, each with ZPIX entries. Is this an incorrect format?

這是不正確的格式。 LOOKUP_TABLE應該是XPIX*YPIX*ZPIX行的列表，每行一個元素（或者，VisIt將接受一行XPIX*YPIX*ZPIX元素）。參見VTK文件格式文檔（www.vtk.org/VTK/img/file-formats.pdf）中的數據集屬性格式。

Is my data set simply too large?

我對此表示懷疑。 VisIt旨在處理巨大的數據集，並且AFAIK可以呈現PB級數據集。如果你的數據很大，我會非常驚訝。

但是，如果您擔心有大文件，可以將數據拆分爲多個文件，並告訴VisIt讀取這些文件是平行的。爲此，請將您的數據寫入單獨的文件中，例如domain1.vtk，domain2.vtk，... domainN.vtk等，然後寫一個.visit主文件，它具有結構

!NBLOCKS N 
domain1.vtk 
domain2.vtk 
... 
domainN.vtk 

保存此，例如，mydata.visit然後打開這個文件.visit，而不是.vtk文件，在訪問。