（慢邊着色）如何避免循環所有tip.labels（包APE）

自從我用C編程始終，我還是有些功能產生phylo樹邊發現很難以循環式的方式停止思考。

我能想到做到這一點的唯一方法是（1）循環所有tip.labels（ID），（2）找出哪些邊緣屬於它們，（3）設置所需的顏色。

這樣做是1加1，因此是非常緩慢的大樹：

tsampltime.rooted=structure(list(edge = structure(c(24L, 24L, 24L, 24L, 24L, 25L, 
26L, 26L, 27L, 27L, 28L, 28L, 25L, 29L, 29L, 30L, 30L, 30L, 30L, 
24L, 31L, 31L, 32L, 32L, 32L, 33L, 33L, 34L, 35L, 35L, 34L, 36L, 
36L, 34L, 37L, 37L, 1L, 2L, 12L, 23L, 25L, 26L, 6L, 27L, 5L, 
28L, 3L, 4L, 29L, 7L, 30L, 8L, 9L, 10L, 11L, 31L, 13L, 32L, 21L, 
22L, 33L, 20L, 34L, 35L, 14L, 15L, 36L, 16L, 17L, 37L, 18L, 19L 
), .Dim = c(36L, 2L)), Nnode = 14L, tip.label = c("0", "2325", 
"55304", "124953", "72254", "66507", "85089", "110256", "123265", 
"97350", "123721", "36770", "48692", "110612", "97224", "104337", 
"124625", "128499", "120928", "88404", "73335", "75059", "17928" 
), edge.length = c(0, 0.953297, 8.054944, 4.4120893, 9.173083, 
1.409346, 3.752752, 0.483517, 4.620875, 0.582417, 0.510989, 12.4862723, 
6.291209, 1.920329, 3.071429, 4.5027528, 5.497248, 2.777472, 
5.5274749, 8.414843, 2.5467017, 3.79121, 3.824171, 3.961538, 
3.804944, 2.126375, 1.75275, 1.93956, 3.3516546, 1.57418, 2.31319, 
2.22528, 4.0384651, 3.898348, 2.722523, 1.87088)), .Names = c("edge", 
"Nnode", "tip.label", "edge.length"), class = "phylo", order = "cladewise") 
    ... 
#distValuesPerId[,] has [LABELID,COLOR] 
distValuesPerId=source('http://ubuntuone.com/5y7ZYCWfE73T5lhnUpmeXc') 
... 
uniqueIDs=unique(tree$tip.label) 
distTrdsampledcol <-rep("black", length(tree$edge)) #init in black 
for(i in uniqueIDs) { #(1) 
    a= c(which(tree$tip.label==i)) 
    b= which(tree$edge[,2]== a) #(2) 
    distTrdsampledcol [ b ] <- distValuesPerId[i,2] #(3) 
} 
... 
#plot(tree, edge.color=distTrdsampledcol)

誰能幫助我重新考慮這一點？這樣做更有效率嗎？

enter image description here

提前感謝！

來源

2012-07-06 lourencoj

使用'dput（樹）'一棵小樹上給我們一些樣本數據。 – nograpes 2012-07-06 19:32:53

@nograpes，在這裏它是： [dput（distValuesPerId）]（http://ubuntuone.com/5y7ZYCWfE73T5lhnUpmeXc） [dput（樹）]（http://ubuntuone.com/3GdyoX4ETlU5cDuRpPMfcN） [圖（樹）（http://ubuntuone.com/5ikA8OIrN9nQrpIgpzTehg）感謝您的答覆 – lourencoj 2012-07-09 13:45:54

實際上，你可以只發布圖片你的問題裏面，你也應該複製的代碼來創建你的樹有好。我現在就爲你做。它不是張貼'data.frame' 12萬行是個好主意。你應該採取只需要指出data.frame的顏色，並張貼。 – nograpes 2012-07-09 14:34:31

您可能會過度譴責這一點。只需從您的巨型顏色data.frame中選擇所需的顏色即可。

plot(tree,edge.color=distValuesPerId[tree$tip.label,2])

嘗試一下例子名單上?plot.phylo，他們有一噸的很酷的東西，你可以用你的樹，包括着色做例子。它可能會給你一些想法。

看到您的評論後，我意識到，我誤解了這個問題。這應該做你想要什麼沒有循環：

cols=distValuesPerId[match(tree$tip.label[tree$edge[,2]],distValuesPerId[,1]),2] 
my.cols=ifelse(is.na(cols),'black',cols) 
plot(tree, edge.color=my.cols)

其分解：

# Find the tip labels associated with each edge, NA if it is not an edge to a tip 
edge.tip.labels=tree$tip.label[tree$edge[,2]] 
# Match each of those tip labels to the label column in your colur data frame 
edge.rows=match(edge.tip.labels,distValuesPerId[,1]) 
# Find the colour for each of those rows 
cols=distValuesPerId[edge.rows,2] 
# Where it is NA, convert it to 'black' (where it is not a 'tip edge') 
my.cols=ifelse(is.na(cols),'black',cols)

來源

2012-07-09 14:43:43 nograpes

您的建議假定distValuesPerId給力「指數」給出的ID（標籤），但事實並非如此......人們必須尋找對應所需ID 我同意我可能會在邊緣指數想，但是不能進行排序更好的辦法生病看看例子感謝 – lourencoj 2012-07-09 16:43:48

對不起，我誤解了這個問題。看到我更新的回覆。 – nograpes 2012-07-09 18:15:29

嘿嘿，謝謝！那工作 – lourencoj 2012-07-18 10:53:00

（慢邊着色）如何避免循環所有tip.labels（包APE）

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