如何創建r中像數據的數據結構（火山）

我有如下因素格式的一些數據：如何創建r中像數據的數據結構（火山）

y <- c(2637732, 2622262, 2637466, 2630985, 2620929, 2630888, 2625944, 2650034, 2645318, 2636731, 2629001, 2650776, 2648531, 2633905, 2654874, 2637571, 2650994, 2641130, 2652417, 2654005) 
x <- c(756994.5, 760190.9, 760898.7, 761690.2, 763064.1, 763089.3, 765942.4, 767058.1, 768265.0, 768471.8, 771393.8, 771394.1, 775332.6, 778324.8, 780480.9, 780961.0,781001.5, 783904.7, 786200.6, 788007.5) 
z <- c(0.008849558,0.260162602,0.115044248,0.109243697,0.066666667,0.000000000,0.022556391,0.157894737,0.045045045,0.378151261,0.028776978,0.128571429,0.064220183,0.148760331,0.514851485,0.173913043,0.019417476,0.037383178,0.041237113,0.150537634)

這裏是我的代碼進行插值數據

df <- data.frame(x=x,y=y,z=z); 
gridint <- 500; 

xmin <- signif(min(df$x),4) - 1000; 
xmax <- signif(max(df$x),4) + 1000; 
ymin <- signif(min(df$y),5) - 1000; 
ymax <- signif(max(df$y),5) + 1000; 
yo <- seq(ymin, ymax, length=gridint); 
xo <- seq(xmin, xmax, length=gridint); 


library(akima); 
fld<- with(df, interp(x = x, y = y, z = z, linear = FALSE, extrap = TRUE, xo = xo, yo= yo)); 
fld2 <- as.data.frame(interp2xyz(fld));

我想創建一個像data（volcano）這樣的結構來運行下面的腳本：

library(rgl); 
data(volcano) 
dim(volcano) 

peak.height <- volcano; 
ppm.index <- (1:nrow(volcano)); 
sample.index <- (1:ncol(volcano)); 

zlim <- range(peak.height) 
zlen <- zlim[2] - zlim[1] + 1 
colorlut <- terrain.colors(zlen) # height color lookup table 
col <- colorlut[(peak.height-zlim[1]+1)] # assign colors to heights for each point 
open3d() 

ppm.index1 <- ppm.index*zlim[2]/max(ppm.index); 
sample.index1 <- sample.index*zlim[2]/max(sample.index) 

title.name <- paste("volcano plot3d", sep = ""); 
surface3d(ppm.index1, sample.index1, peak.height, color=col, back="lines", main = title.name); 
grid3d(c("x", "y+", "z"), n =20) 

sample.name <- paste("col.", 1:ncol(volcano), sep=""); 
sample.label <- as.integer(seq(1, length(sample.name), length = 5)); 

axis3d('y+',at = sample.index1[sample.label], sample.name[sample.label], cex = 0.3); 
axis3d('y',at = sample.index1[sample.label], sample.name[sample.label], cex = 0.3) 
axis3d('z',pos=c(0, 0, NA)) 

ppm.label <- as.integer(seq(1, length(ppm.index), length = 10)); 
axes3d('x', at=c(ppm.index1[ppm.label], 0, 0), abs(round(ppm.index[ppm.label], 2)), cex = 0.3); 

title3d(main = title.name, sub = "test", xlab = "ppm", ylab = "samples", zlab = "peak") 
rgl.bringtotop();

任何人都可以幫助我嗎？一些忠告？

在此先感謝

來源

2017-05-06 Breno Oliveira

您似乎沒有足夠的積分來支持3d表面。這些數據是什麼？ –

數據是潛在模型（交互指數）的結果。我使用此代碼來插入基礎數據： df < - data.frame（x = x，y = y，z = z） gridint < - 500 xmin < - signif（min（df $ x），4 ） - 1000 xmax < - signif（max（df $ x），4）+ 1000 ymin < - signif（min（df $ y），5） - 1000 ymax < - signif（max（df $ y）， 5）+ 1000 喲< - SEQ（YMIN，YMAX，長度= gridint） XO < - SEQ（XMIN，XMAX，長度= gridint）庫（阿克瑪） FLD < - 與（DF，interp的（X = x，y = y，z = z，linear = FALSE，extrap = TRUE，xo = xo，yo = yo）） fld2 < - as.data.frame（interp2xyz（fld）） –

我編輯了我的問題我用來插入這些數據的代碼（x，y，z） –

首先，讓我們用X，Y做到這一點，你開始與z值：

str(fld) 
List of 3 
$ x: num [1:50] 756000 756673 757347 758020 758694 ... 
$ y: num [1:50] 2619900 2620635 2621369 2622104 2622839 ... 
$ z: num [1:50, 1:50] 0.255 0.256 0.257 0.258 0.259 ...

，可以與底座的圖形繪製功能persp：

png(); with(fld, persp(x,y,z)) ; dev.off()

現在建立一個合適的rgl陰謀，如果....我可以。事實證明，您需要將rgl的座標範圍縮放到[0-1]，使其具有正確的寬高比以查看任何內容。（也可以用aspect3d（小提琴），但我已經有一個

open3d() 
with(fld, surface3d((x -min(x))/(max(x) -min(x)), 
        (y -min(y))/(max(y) -min(y)), 
        (z -min(z))/(max(z) -min(z)))) 
rgl.snapshot("test.png")

來源

2017-05-07 02:29:24

跌跌撞撞您可以使用deldir包基於原始數據顯示的表面。幫助頁面讀的是?persp3d.deldir

library(rgl) 
open3d() 
plot3d(x, y, z) # Establish the axes, set labels etc. ... 

library(deldir) 
dxyz <- deldir(x, y, z = z, suppressMsge = TRUE) 
col <- cm.colors(20)[1 + round(19*(z - min(z))/diff(range(z)))] 
persp3d(dxyz, col = col, add = TRUE)

產生這樣的結果：

如果您不想顯示積分，則可以在plot3d呼叫中使用type = 'n'，或者完全跳過它並將add = TRUE參數丟棄到persp3d。後者使得設置寬高比和標題有點困難。

來源

2017-05-07 09:41:44 user2554330

如何創建r中像數據的數據結構（火山）

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