打開GML（圖形建模語言）格式文件的問題

我想打開一個GML格式文件，但無法工作。基本上，我使用名爲ChemTraYzer的代碼來生成一些與GML相關的文件，即.gml文件和一些包含所需圖片的文件夾。這裏是.gml文件：打開GML（圖形建模語言）格式文件的問題

graph [ 
    hierarchic 1 
    label "" 
    directed 1 
    node [ 
      id "C" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_0.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "[CH3]" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_2.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "O" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_1.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "[OH]" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_5.png" 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "C" 
      target "[CH3]" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "C" 
      target "O" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "[OH]" 
      target "[CH3]" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "[OH]" 
      target "O" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ]

]

和被叫reac.pic其中包含與此相關的GML文件中的一些圖片文件夾。

預計導出圖片類似如下：

我知道一些Python包一樣Networkx或Java程序，如Gephi也許能夠打開文件GML的要求。但是，我嘗試了很多次，但都無法成功。如果有人能幫助我，我將非常感激。非常感謝！

來源

2017-06-12 Lance

您發佈的圖形沒有佈局。你需要的是額外的軟件將其轉換爲你發佈的數字。如原始ChemTraYzer出版物（doi：10.1021/acs.jctc.5b00201）中所述，yEd軟件做得很好（https://www.yworks.com/products/yed）。我已經嘗試過使用一些python庫來做佈局，但是很難自動獲得漂亮的圖形佈局。因此，我使用yEd的自動佈局算法（在這種情況下是分層結構），並手動重新排列節點和邊緣。

來源

2017-06-26 08:06:07

您的圖表似乎是分層結構，Gephi已撤銷對層次圖的支持，請參閱here。除此之外，我懷疑Gephi GML導入器將能夠讀取鏈接的圖像。有一個解決方法，使用plugin，但只適用於Gephi 0.8.2

來源

2017-06-21 18:59:15

打開GML（圖形建模語言）格式文件的問題

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