的R - 重塑始端的時間間隔，以確定倍

Question

具有像這樣的結構的多個受試者反覆評估用藥的時間序列數據（使用data.table）重疊：

library(data.table) 
dt1 = setDT(structure(list(id = c("G", "G", "G", "G", "M", "M", "M", "M", 
    "M", "M", "M"), med = c("mult", "R", "mult", "R", "A", "mult", 
    "A", "C", "A", "Q", "A"), strt = c(19059L, 19061L, 19065L, 19066L, 
    19136L, 19138L, 19142L, 19142L, 19155L, 19246L, 19257L), end = c(19061L, 
    19065L, 19066L, 19101L, 19138L, 19139L, 19172L, 19172L, 19255L, 
    19276L, 19287L)), .Names = c("id", "med", "strt", "end"), row.names = c(NA, 
    -11L), class = "data.frame")) 

產生data.table dt1 ：

id med strt end 
1: G mult 19059 19061 
2: G R 19061 19065 
3: G mult 19065 19066 
4: G R 19066 19101 
5: M A 19136 19138 
6: M mult 19138 19139 
7: M A 19142 19172 
8: M C 19142 19172 
9: M A 19155 19255 
10: M Q 19246 19276 
11: M A 19257 19287 

我試圖重新組織數據，使得，對於每個受試者，任何一天，患者是在> 1 MED被重構成'mult'，和一個給定的藥物治療方案的連續天被表示爲單個行。

因此，期望的結果是dt2：

id med strt end 
1: G mult 19059 19061 
2: G R 19062 19064 
3: G mult 19065 19066 
4: G R 19067 19101 
5: M A 19136 19137 
6: M mult 19138 19139 
7: M mult 19142 19172 
8: M A 19173 19245 
9: M mult 19246 19255 
10: M Q 19256 19256 
11: M mult 19257 19276 
12: M A 19277 19287 

我已經寫以下代碼這樣做，但它是緩慢和冗長。有人能幫我改進嗎？

dt2 = dt1[, list(id, med, day=seq(strt,end)), by=1:nrow(dt1)] 
setkey(dt2,'id','day') 
dt2[, med := ifelse(length(unique(med))>1, 'mult', med), by=list(id,day)] 
dt2 = unique(dt2) 
medrun <- function(y,z){ 
    cnt = grp = 1L 
    lx = length(y) 
    ne = y[-lx] != y[-1L] 
    n1 = z[-lx] - z[-1L] != -1 
    for(i in seq_along(ne)){if(ne[i] | n1[i])cnt=cnt+1; grp[i+1]=cnt} 
    grp 
} 
dt2[,grp := as.numeric(medrun(med,day)), by=id] 
setkey(dt2,'id','grp') 
dt2[,strt := min(day), by=list(id,grp)] 
dt2[,end := max(day), by=list(id,grp)] 
dt2 = unique(dt2) 
dt2 = subset(dt2, select = c('id','med','strt','end')) 

數據集很大（> 3M行），所以解決方案需要高效且快速的存儲。理想情況下，不希望將間隔擴展到1 obs/day。

Answer 1

我會一天擴大，設置鍵，然後相應地

DT_meds <- DT1[, list(day = if (.N ==1) seq(from=strt, to=end) else unlist(mapply(seq, strt, end))), keyby=list(id, med)] 
setkey(DT_meds, id, day, med) 
DT_meds[, med := if (length(unique(med)) > 1) "mult" else med, by=list(id, day)] 
DT_meds[, grp := cumsum (c(FALSE, diff(day) > 1)), by=list(id, med) ] 

DT_results <- DT_meds[, list(str=day[1L], end=day[.N]), by=list(id, med, grp)] 
DT_results[, grp := NULL] 

DT_results 
#  id med str end 
# 1: G mult 19059 19061 
# 2: G R 19062 19064 
# 3: G mult 19065 19066 
# 4: G R 19067 19101 
# 5: M A 19136 19137 
# 6: M mult 19138 19139 
# 7: M mult 19142 19172 
# 8: M A 19173 19245 
# 9: M mult 19246 19255 
# 10: M Q 19256 19256 
# 11: M mult 19257 19276 
# 12: M A 19277 19287