Git add。在具有.git文件夾的子目錄上失敗，即使被忽略

Question

我們有一個深層次的目錄結構，其中包含多個不同級別的README文件。例如：

gitignoretest/ 
|-- 00README 
|-- dir1 
| |-- 00README 
| |-- dir1 
| | |-- 00README 
| | |-- dir1 
| | |-- dir2 
| | |-- dir3 
| | |-- file1 
| | `-- file2 
| |-- dir2 
| | |-- 00README 
| | |-- dir1 
| | |-- dir2 
| | |-- dir3 
| | |-- file1 
| | `-- file2 
| |-- dir3 
| | |-- 00README 
| | |-- dir1 
| | |-- dir2 
| | |-- dir3 
| | |-- file1 
| | `-- file2 
| |-- file1 
| `-- file2 
|-- dir3 
| |-- 00README 
| |-- dir1 
| | |-- 00README 
| | |-- dir1 
| | | |-- 00README 
| | | |-- dir1 
| | | |-- dir2 
| | | |-- dir3 
| | | |-- file1 
| | | `-- file2 
| | |-- dir2 
| | | |-- 00README 
| | | |-- dir1 
| | | |-- dir2 
| | | |-- dir3 
| | | |-- file1 
| | | `-- file2 

... 
... 

我們只想版本00README文件。我們成功地測試此與this.gitignore

的.gitignore

# Ignore everything 
* 

# But not these files... 
!.gitignore 
!00README 
# etc... 

# ...even if they are in subdirectories 
!*/ 

然而，在實際情景，一個子目錄是conda安裝具有含自己.git目錄一些軟件包。當我做git add .失敗與消息：

fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki 

真正的情況是../TopLevel/Applications/...與../TopLevel/.gitignore。下面是我試過的東西：

../TopLevel/.gitignore

# Ignore everything 
* 
/Applications/conda/**/* 
/Applications/miniconda3/**/* 
/Applications/newconda/**/* 

Applications/conda/**/* 
Applications/miniconda3/**/* 
Applications/newconda/**/* 

/**/.git 
**/.git 

/**/.git/** 
**/.git/** 

# But not these files... 
!.gitignore 
!00README.md 
!USE_APPS 
# etc... 

# ...even if they are in subdirectories 
!*/ 

但不打標記。

---

編輯
爲了解決與由@VonC提到.git文件夾「untracking」子目錄中的問題，我提出一個完全新鮮的創作git倉庫的。注意：作爲遠程添加的存儲庫是新近鑄造的--bare存儲庫。

balter@server:/home/.../TopLevel$ rmdir .git 
balter@server:/home/.../TopLevel$ git init 
Initialized empty Git repository in /home/.../TopLevel/.git/ 
balter@server:/home/.../TopLevel$ git remote add origin git@server.ohsu.edu:path/repo.git 
balter@server:/home/.../TopLevel$ git status 
# On branch master 
# 
# Initial commit 
# 
# Untracked files: 
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed) 
# 
# .gitignore 
# 00README.md 
# Applications/ 
# InstallationPackages/ 
# USE_APPS 
# gitignoretest/ 
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track) 
balter@server:/home/.../TopLevel$ git add . 
fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki 

Answer 1

如果你要考慮所有的樹結構作爲一個信息庫，您需要先刪除嵌套.git子文件夾：詳見「Initial push to GitHub Missing Sub Directory」。

對於無視規則，如果你想不顧一切，但OOREMEADE文件，你需要最前一頁排除的文件夾

* 
!**/ 

然後你就可以排除文件：

!00README 

確保那些文件首先未被跟蹤（git status）

我們的應用程序目錄有一個con da安裝，似乎通過克隆git存儲庫來安裝許多軟件包。如果我去刪除所有的.git目錄，那麼每當我運行conda更新時，它會失敗，因爲它不再需要它的回購，或者它會重新克隆它們。

首先，你不要忽略.git文件夾：他們的父文件夾代表一個嵌套的git倉庫。這是您要忽略文件夾（.git文件夾的父），這樣一git add .不會記錄gitlink（special entry in index of the parent repo）

其次，「Not a git repository: .../../.git/modules/...」是指暢達嵌套式回購具有submodules ，其support is still in progress with conda：該conda安裝文件夾將需要git submodule update --init --recursive爲了初始化正確的嵌套子模塊。