MCMCglmm中「特質」的含義

Question

像this post我在努力處理MCMCglmm的符號，尤其是trait的含義。我的代碼IST以下

library("MCMCglmm") 

set.seed(123) 
y <- sample(letters[1:3], size = 100, replace = TRUE) 
x <- rnorm(100) 
id <- rep(1:10, each = 10) 
dat <- data.frame(y, x, id) 

mod <- MCMCglmm(fixed = y ~ x, random = ~us(x):id, 
      data = dat, 
      family = "categorical") 

這給我的錯誤消息For error structures involving catgeorical data with more than 2 categories pleasue use trait:units or variance.function(trait):units.（！原文如此）。如果我通過letters[1:2]生成二分數據，一切都會正常工作。那麼一般來說這個錯誤信息是什麼意思，特別是「特質」呢？

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編輯2016年9月29日： 從the linked question我複製rcov = ~ us(trait):units到我的MCMCglmm電話。並從https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2010q3/004006.html我採取（並稍作修改）的前 list(R = list(V = diag(2), fix = 1), G = list(G1 = list(V = diag(2), nu = 1, alpha.mu = c(0, 0), alpha.V = diag(2) * 100)))。現在我的模型實際上給出了結果：

MCMCglmm(fixed = y ~ 1 + x, random = ~us(1 + x):id, 
     rcov = ~ us(trait):units, prior = prior, data = dat, 
     family = "categorical") 

但我仍得缺乏瞭解是什麼意思trait（什麼由units和之前的符號，並與idh()，什麼是us()。 ..）。

編輯二〇一六年十一月十七日： 我覺得trait是synoym爲「目標變量」，或在這種情況下「響應」一般或y。在配方random存在（在這種情況下y）沒有對~"because the response is known from the fixed effect specification."所以，理性的左側後面specifiying是rcov需求trait:units可能是因爲它是alread由fixed公式定義，什麼是trait。

Answer 1

units是響應變量值，而trait是響應變量名稱，它對應於類別。通過指定rcov = ~us(trait):units，您允許殘差在「特徵」（響應類別）中是異構的，以便估計剩餘方差 - 協方差矩陣的所有元素。

在Hadfield的MCMCglmm課程筆記（vignette("CourseNotes", "MCMCglmm")）的第5.1節中，您可以閱讀保留變量trait和units的解釋。