流水線切割排序uniq

嘗試從sam文件中獲取某個字段，對其進行排序，然後在文件中查找唯一編號的數量。我一直在努力：流水線切割排序uniq

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt | 
uniq -c sortedfield2.txt

試圖分類編號到一個新的文件或相同的文件，我剛開始一片空白時，切割工作，從第二場拉出數不過來。我曾嘗試將管道分成幾部分，但仍然出現相同的錯誤。我打算使用這三個函數來實現輸出計數。

來源

2017-08-16 user1381852

好的。我們被教導說管道是迭代的;當它完成一部分時，它會轉向下一部分。感謝那。 – user1381852

我不確定你被教了什麼，但我想你可能只是錯過了一些觀點（什麼是迭代，甚至意味着在管道中什麼是「管道」？）。不用擔心，這些都可以被清理和學習，但是你可能想在一段時間內仔細研究shell管道和重定向。 – Evert

相關（幾乎重複，但答案將在問題本身）：https://stackoverflow.com/questions/21584727/using-linux-cut-sort-and-uniq?rq=1和https：// stackoverflow。 com/questions/9609322/sorting-and-counting-method-faster-then-cat-file-sort-uniq-c？rq = 1。 – Evert

使用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

在你的原代碼，您要重定向的cut輸出到field2.txt，並在同一時間，輸出試圖管進入sort。這是行不通的（除非你使用tee）。將命令分成單獨的命令（例如，使用;）或不要將輸出重定向到文件。

同上下半年，在那裏你寫輸出到sortedfield2.txt，因此最終什麼都沒有去stdout，沒有任何東西被輸入到uniq。

所以另一種可能是：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

這是一樣的

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt

來源

2017-08-16 03:17:24 Evert

你可以使用這個命令：

cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt

在你的代碼是錯誤的。錯誤是「沒有這樣的文件或目錄」。由於管道。你可以在這個鏈接學習如何使用它

https://www.guru99.com/linux-pipe-grep.html

來源

2017-08-16 03:33:53

流水線切割排序uniq

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