等待已完成的作業

一旦其他人完成，我將啓動一個pbs腳本。對於我使用這個命令：等待已完成的作業

$ job1=$(qsub job1.pbs) 
$ jobN=$(qsub jobN.pbs) 
$ qsub -W depend=afterok:$job1:$jobN join.pbs

這工作，在大多數情況下。但是，如果我在job1和jobN已完成時運行加入腳本，它將無限期地空閒，因爲它正在等待已完成的作業完成。這聽起來很瘋狂，但這是發生了什麼。如果我運行qstat我可以清楚地看到，我的加盟工作正在舉行（「H」）

$ qstat -u me 
Job ID   Username Queue Jobname SessID NDS TSK Memory Time S Time 
--------------- -------- -------- ---------- ------ --- --- ------ ----- - ----- 
1990613   me workq join.pbs  -- 1 1 -- -- H --

但是如果作業中的至少一個仍然在運行，而另一個已經完成，那麼在加入腳本不會閒置並完成。

那麼有什麼解決方案來處理已經結束的工作？我們顯然需要完成這項工作。

來源

2016-07-28 kaligne

如果作業從'qstat'消失了，這意味着你需要增加'keep_completed'。否則，當聯接作業準備好運行時，依賴關係永遠不會滿足，並且永遠不會釋放。 – clusterdude

您使用的是什麼版本的扭矩？這可能是你遇到了一個已經修復的錯誤。 – dbeer

當加入作業開始時，服務器仍然需要知道所依賴的作業;如果其中任何一個從qstat中消失，則需要在qmgr中增加keep_completed。否則，當聯接作業準備好運行時，依賴關係永遠不會滿足，並且永遠不會釋放。

檢查：$ qmgr -c 'print server keep_completed'

添加/修改：$ qmgr -c 'set server keep_completed=300'

（我也相信你可以設置隊列keep_completed）

來源

2016-07-30 14:26:50 clusterdude

等待已完成的作業

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