並行gnu命令與管道配合使用

Question

我對信息學比較陌生，剛剛發現parallel命令的優點。但是，我在使用管道和輸出時遇到了問題。

我使用這個命令：

parallel -j 2 echo ./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam :::: fs1 > executable.sh 

fs1包含了所有我想要運行的文件列表。 executable.sh是可執行的命令列表。我希望fs1中列出的每個文件都可以通過程序（稱爲hisat2）單獨處理，輸出sam文件可以使用samtools轉換爲bam格式。然而，它似乎不喜歡管道 - 它抱怨以下幾點：

bash: /path/to/storage/folder/{/.}.bam: No such file or directory 
parallel: Warning: Input is read from the terminal. Only experts do this on purpose. Press CTRL-D to exit. 

我該如何克服這一點？唯一的解決辦法是先將所有文件處理爲SAM，然後進行並行BAM轉換？

Answer 1

你需要引用的管道和重定向：

parallel -j 2 "./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam" :::: fs1 

使用--dry-run，看看有什麼會運行：

parallel --dry-run -j 2 "./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam" :::: fs1 

（你肯定samtools在當前目錄通常是安裝）

我可以建議你在man parallel_tutorial處走一小時嗎？你的命令行會愛你。