在R中的PAM聚類分析的平方和內計算

Question

我正在使用R中的PAM進行聚類分析。我使用vegdist（）計算了我的數據的gower距離，並使用pam（）計算了一個簇變量，效果很好。現在我需要一個措施來確定正確的k。我知道的方法是在視覺上比較不同k的平方和。我如何從一系列PAM迭代中獲取WSS來比較一個圖中的總和，類似於kmeans的這個例子？ http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/137758_a80b40255fdd440ab76b41a646a6c482.html#loops

Answer 1

PAM不優化WSS。 WSS是k-means的目標。

相反，使用PAM目標

爲objective場見?[pam.object][1]（在文獻中也可以叫做TD）：

objective

目標函數的第一和第二後pam算法的一步。

要注意的是類似於WSS，objective應該隨k以減小。因此，你不能只選擇最低限度，但你應該在劇情中尋找膝蓋。

由於PAM是隨機的，您可能需要多次運行每個k，並保持最佳結果。