半徑誤差allocMatrix

我試圖加載一定量的Affymetrix公司的CEL文件，使用標準Bioconductor的命令（在64位Linux - [R 2.8.1，72 GB的RAM）

abatch<-ReadAffy()

但我不斷收到這樣的信息：

Error in read.affybatch(filenames = l$filenames, phenoData = l$phenoData, : 
    allocMatrix: too many elements specified

這是什麼allocMatrix錯誤的一般含義？有沒有辦法增加它的最大尺寸？

謝謝

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2009-11-30 Federico Giorgi

我嘗試了R上2.10.0，同樣的問題。 – 2009-11-30 12:54:21

R-Help上有一個線程：http://www.mail-archive.com/[email protected]/msg27488.html – rcs 2009-11-30 12:54:22

閱讀它，但它並沒有真正解決問題。正如在該線程中，我沒有稀疏矩陣。我想知道是否篡改R源代碼會有所幫助。就像使用longs而不是int進行索引一樣。 – 2009-11-30 12:57:55

問題是所有核心函數都使用INT來代替LONG來生成R對象。例如，你的錯誤消息來自array.c在/ SRC /主

if ((double)nr * (double)nc > INT_MAX) 
    error(_("too many elements specified"));

其中NR和NC之前生成的整數，代表行和您的矩陣的列數：

nr = asInteger(snr); 
nc = asInteger(snc);

所以，爲了簡化它，源代碼中的所有內容都應該更改爲LONG，不僅可以在array.c中，而且也可以在大多數核心函數中使用，並且需要重寫。對不起，沒有更多的幫助，但我想這是唯一的解決方案。或者，你可能會等到R 3.x明年，並希望他們會實施這...

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2009-12-01 12:29:44 Tonio

我想這就是它......學習時間C.謝謝！ – 2009-12-01 15:31:37

如果你想在龐大的數據集的Affymetrix工作，你可能會使用包從aroma.affymetrix有更好的運氣。此外，bioconductor是一個（尤其是）快速移動的項目，通常會要求您升級到最新版本的R以獲得任何持續的「支持」（BioC郵件列表上的幫助）。我看到Thrawn也提到R 2.10有類似的問題，但是仍然可以考慮升級。

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2009-11-30 19:06:16

是的，這正是什麼香氣。 affymetrix是爲龐大的數據集而設計的 – 2009-12-01 02:26:19

affy和affyPLM包中的大多數函數都已經有了優化步驟來節省內存（例如justRMA（破壞性= TRUE））。爲此，我總是發現香氣相當多餘。不幸的是，問題仍然存在於芳香中，因爲R中的內部allocMatrix表示限制沒有增加。 – 2009-12-01 11:56:15

我同意，大多數親和函數做什麼aroma.affymetrix爲大數據集做。他們也肯定更快。然而，當你沒有怪物機器時，aroma.affymetrix是很好的（因爲它會限制RAM的消耗）。 – Tonio 2009-12-01 12:02:17

我偶然碰到了這個線程。不，芳香框架不受alloc和math（）長度限制，因爲它沒有單獨使用常規地址空間來尋址數據 - 而是通過文件系統來分配子集。它永遠不會佔用，並且永遠不會將完整的數據集隨時加載到內存中。基本上文件系統設置限制，而不是你的操作系統的RAM或地址空間。

/亨裏克（香氣的作者。*）

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2010-01-11 13:18:50 HenrikB

半徑誤差allocMatrix

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