找到兩個文件bash

Question

不匹配的行我仍然是新來的bash，我發現了類似的問題，但我仍然無法解決我的問題。我有兩個文件，每個文件有兩列，用空格分開。

文件1：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT 
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA 
3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC 
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN 
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA 
6 AGCAGAGAAGAGATGAGTTGTCGAGTGAGGCGTAAG 
7 AACGTTGAAAAATTATCCCGTCAACAGTCTCCAGAA 
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA 
9 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA 

文件2：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT 
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA 
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN 
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA 
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA 
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 

我想僅每個文件的第二列，逐行，和輸出第三文件僅與比較不匹配的行。

輸出：

3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 

Answer 1

您可以使用awk：

awk 'NR==FNR{a[$2];next} !($2 in a)' file1 file2 
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 

說明：

NR == FNR {     # While processing the first file 
    a[$2]      # just push the second field in an array 
    next      # move to next record of first file 
} 
!($2 in a)     # print lines from file2 if array a doesn't that line 

Answer 2

您可以使用diff這一點。 diff將在兩個文件中打印出差異。

/test>diff file1 file2 
3c3 
< 3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC 
--- 
> 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
6,7c6,7 
< 6 AGCAGAGAAGAGATGAGTTGTCGAGTGAGGCGTAAG 
< 7 AACGTTGAAAAATTATCCCGTCAACAGTCTCCAGAA 
--- 
> 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
> 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
9c9 
< 9 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA 
--- 
> 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 

Grepping從第二個文件只是區別：

/test>diff file1 file2 | grep ">" 
> 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
> 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
> 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
> 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 

Answer 3

grep -vf file1 file2 

輸出：

 
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN