在ggbiplot中指定箭頭（線段）的顏色，透明度和位置

我正在創建具有高度多元數據的PCA雙線圖。在ggbiplot中指定箭頭（線段）的顏色，透明度和位置

是否有方法可以指定ggbiplot中線段的顏色/透明度/位置？這個命令的參數都沒有提供這個選項。

我知道ggbiplot是基於ggplot - 它可能接受aes參數嗎？或者可以在創建的圖上覆蓋一層顏色/透明度/位置來覆蓋默認值？

具體而言，關於位置，如果可能的話，我想抖動線段（雖然使它們更透明可能已經解決了問題）。

將R數據集「光圈」是適合用作一個例子我的腳本（工作）：

#load required packages 
library(ggplot2) 
library(devtools) 
library(ggbiplot) 

#load dataset 
data(iris) 

#perform principal component analysis 
pca = prcomp(iris[ , 1:4], scale=T) 

#define classes, generate & view PCA biplot 
class = iris$Species 
pca_biplot = ggbiplot(pca,obs.scale = 1, var.scale=1,groups=class,circle=F,varname.size=1,varname.adjust=6) 
data_pca

非常感謝 - 任何幫助表示讚賞！

親切的問候。

來源

2014-09-23 JanP

看來你需要稍微改變ggbiplot函數。在控制檯中鍵入ggbiplot，將代碼複製到編輯器。在function的arglist中，爲箭頭的顏色，線型和透明度（「alpha」）添加「name = expression」項。

ggbiplot2 <- function (pcobj, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot = TRUE, 
      obs.scale = 1 - scale, var.scale = scale, groups = NULL, 
      ellipse = FALSE, ellipse.prob = 0.68, labels = NULL, labels.size = 3, 
      alpha = 1, var.axes = TRUE, circle = FALSE, circle.prob = 0.69, 
      varname.size = 3, varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, 
      color = muted("red"), # <- add new arguments to the function 
      linetype = "solid", 
      alpha_arrow = 1)

然後搜索geom_segment部分，並添加論據color，linetype和alpha：

g <- g + geom_segment(data = df.v, aes(x = 0, y = 0, xend = xvar, yend = yvar), 
         arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")), 
         color = color, linetype = linetype, alpha = alpha_arrow)

分配編輯功能，以一個新的名字，例如ggbiplot2。試試吧，在這裏你的箭頭設置默認值以外的值：

ggbiplot2(pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = class, circle = F, varname.size = 1, varname.adjust = 6, 
color = "blue", linetype = "dashed", alpha_arrow = 0.5) # <- use the new arguments

enter image description here

來源

2014-09-23 14:27:53 Henrik

非常感謝@Henrik，這是一個很大的幫助。我還添加了一個line.size參數來傳遞給size，因爲默認的箭頭寬度非常小。 – Bajcz 2017-04-12 13:45:20

謝謝您的建議。

我寫了該函數，以便它可以很容易地使用。您也可以指定選擇哪些列（=變量）以及分配給每個選定變量的顏色。到目前爲止，它只基於princomp（），因爲我還沒有使用PCA的其他函數。隨意作出貢獻：

https://github.com/EhrmannS/r-snippets/blob/master/graphics/ggplot/ggbiplot_more_graphics_options.R

只需指定：

g <- ggbiplot2(pcobj, 
       coi <- list(c("variables", "with", "first", "colour"), 
          c("variables", "with", "second", "colour")), 
       arrow.alpha = c(0.2, 1, 1), 
       arrow.color = c(muted("red"), "black", "red"))

與其他參數一起

。

來源

2015-06-11 14:49:51

在ggbiplot中指定箭頭（線段）的顏色，透明度和位置

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