生成文件：有3種輸入產生一個輸出

Question

我有這個版本的makefile [sbsuser@compute-00-01 415]$ make --version GNU Make 3.81

我有，我有3個文件目錄軀體。我只想生成一個輸出。這是我寫的。

`

OUTSOMATIC=SOMATIC 
FINAL=FINAL 
INPUT=$(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf) 
OUTSORT2= $(patsubst $(OUTSOMATIC)/%.vcf,$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz,$(INPUT)) 
$(info lista $(OUTSORT2)) 
$(info lista $(INPUT)) 
.PHONY: all 
all: $(INPUT) $(OUTSOMATIC) $(OUTSORT2) $(FINAL) 
$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT) 
    ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7 ensemble -n 1 $(FINAL)/somatic_ensemble.gz /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^ 

`

有了這個腳本做3次相同的文件。我不明白如何從輸入列表中只創建一個輸出以便在同一時間使用。 這樣做的最好方法是什麼？ 如果我改變$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz：$(FINAL)/somatic.ensemble.gz我有這個錯誤：

make: *** No rule to make target FINAL/415_merge_mutect2.somaticsomatic.ensemble.gz', needed by all'。停止'

Answer 1

您可能應該查看GNU make手冊介紹部分，在這些章節中他們描述了工作原理。我們來看看你的makefile;首先你定義一些變量。假設您有文件SOMATIC/foo.vcf,SOMATIC/bar.vcf和SOMATIC/baz.vcf。然後，你創建的變量將是這些值，他們是擴大後：

OUTSOMATIC = SOMATIC 
FINAL = FINAL 
INPUT = SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf 

現在你patsubst發現在INPUT匹配模式SOMATIC/%.vcf並更換與FINAL/%somatic.ensemble.gz，其中一部分在該%匹配所有單詞輸入代入輸出：

OUTSORT2 = FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz 

現在，讓我們看看您已經定義了一個all目標。由於它是makefile中的第一個目標，因此這是默認運行的目標。擴建後，它看起來就像這樣：

all: SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf SOMATIC FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz FINAL 

因此，請將嘗試建立all目標的每一個先決條件，以確保它是最新的。首先它試圖構建SOMATIC/*.vcf文件。這些文件已經存在，並且沒有關於如何重建它們的任何規則，所以它假定它們是最新的。

接下來它嘗試構建SOMATIC文件。這是一個目錄，它也沒有規則要建立，所以假設這是最新的。

下一步make嘗試構建目標FINAL/foosomatic.ensemble.gz。讓不有可以建造它的規則，你已經創建了一個：

$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT) 
     ~/jdk1.8.0_121/bin/java ... 

這符合你想建立的目標，與foo一個%值，所以後來做出的前提代替了%對於foo，發現SOMATIC/foo.vcf存在並且不需要重建，因此它會運行您的配方。然而你的食譜實際上並不創造目標FINAL/foosomatic.ensemble.gz;它會創建目標FINAL/somatic_ensemble.gz。所以這個規則被破壞了，因爲它告訴它會做一件事，但它做了其他事情。

您應該始終確保所有食譜都生成由自動變量$@表示的文件;這將確保你和你的規則的含義達成一致。如果你想讓你的食譜建立一些其他文件，那麼你的規則寫錯了。

下一步使用下一個先決條件all做同樣的事情：FINAL/barsomatic.ensemble.gz。由於該文件不存在，make會嘗試使用模式規則來構建它，但同樣會創建相同的輸出文件。

再次爲第三個.gz文件FINAL/bazsomatic.ensemble.gz。這就是爲什麼事情運行三次。

如果將模式規則更改爲明確的規則構建FINAL/somatic.ensemble.gz，這是您想要的，然後使無法找到任何方式來構建all目標的先決條件，因此它會給出此錯誤。您的問題是創建OUTSORT2。您只想創建一個輸出文件，但您已將OUTSORT2設置爲包含三個不同的文件，因此make會嘗試創建所有三個文件。你想要這個：

OUTSOMATIC = SOMATIC 
FINAL = FINAL 
INPUT = $(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf) 
OUTSORT2 = $(FINAL)/somatic.ensemble.gz 

.PHONY: all 
all: $(OUTSORT2) 

$(OUTSORT2): $(INPUT) 
     ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7 ensemble -n 1 $@ /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^