R ggplot - 不能分配大的矢量

我想繪製一個相對較小的數據集，我無法讓它顯示出我的情節。它不斷給出錯誤Error: cannot allocate vector of size 9.7 Gb。由於數據集相當小，這對我來說沒有多大意義。R ggplot - 不能分配大的矢量

> nrow(locs) 
[1] 130 
> head(locs) 
     STATION AVGTRANGE  LAT  LONG 
1: USC00286979 22.13333 40.6971 -75.2042 
2: USC00360022 21.33333 40.5361 -79.8152 
3: USC00360132 24.37037 40.5227 -78.3694 
4: USC00360140 19.80000 40.4949 -78.4667 
5: USC00360147 22.36667 41.3585 -77.9262 
6: USC00360457 20.68000 40.8209 -76.4983

我如何繪製它。

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT)) + 
    geom_raster(aes(fill=AVGTRANGE), interpolate=TRUE) 
gg # can't allocate here

這是我的數據dput。

> dput(locs) 
structure(list(STATION = structure(1:130, .Label = c("USC00286979", 
"USC00360022", "USC00360132", "USC00360140", "USC00360147", "USC00360457", 
"USC00360560", "USC00360656", "USC00360754", "USC00360785", "USC00360861", 
"USC00360868", "USC00361139", "USC00361212", "USC00361301", "USC00361350", 
"USC00361354", "USC00361362", "USC00361377", "USC00361480", "USC00361485", 
"USC00361705", "USC00361726", "USC00361751", "USC00361802", "USC00361810", 
"USC00361838", "USC00361920", "USC00362071", "USC00362183", "USC00362323", 
"USC00362470", "USC00362574", "USC00362721", "USC00362942", "USC00363018", 
"USC00363028", "USC00363226", "USC00363311", "USC00363321", "USC00363343", 
"USC00363417", "USC00363437", "USC00363451", "USC00363632", "USC00363665", 
"USC00363698", "USC00364214", "USC00364325", "USC00364432", "USC00364763", 
"USC00364778", "USC00364815", "USC00364839", "USC00364896", "USC00364934", 
"USC00364976", "USC00364992", "USC00365050", "USC00365109", "USC00365344", 
"USC00365573", "USC00365686", "USC00365738", "USC00365902", "USC00365918", 
"USC00366111", "USC00366151", "USC00366194", "USC00366238", "USC00366508", 
"USC00366649", "USC00366886", "USC00366921", "USC00366927", "USC00367029", 
"USC00367073", "USC00367103", "USC00367167", "USC00367186", "USC00367229", 
"USC00367409", "USC00367477", "USC00367732", "USC00367782", "USC00367863", 
"USC00367931", "USC00367938", "USC00368073", "USC00368184", "USC00368308", 
"USC00368361", "USC00368400", "USC00368449", "USC00368469", "USC00368596", 
"USC00368668", "USC00368868", "USC00368873", "USC00368888", "USC00368905", 
"USC00369298", "USC00369367", "USC00369408", "USC00369823", "USR0000PALL", 
"USW00003761", "USW00004726", "USW00004751", "USW00004787", "USW00004843", 
"USW00013739", "USW00014711", "USW00014712", "USW00014736", "USW00014737", 
"USW00014751", "USW00014762", "USW00014770", "USW00014777", "USW00014778", 
"USW00014860", "USW00054737", "USW00054782", "USW00054786", "USW00054789", 
"USW00054792", "USW00093778", "USW00094732", "USW00094823"), class = "factor"), 
    AVGTRANGE = c(22.1333333333333, 21.3333333333333, 24.3703703703704, 
    19.8, 22.3666666666667, 20.68, 23.35, 21.4333333333333, 25.75, 
    23.4333333333333, 23.6428571428571, 26.4333333333333, 27.551724137931, 
    25.3448275862069, 25.0666666666667, 26.6842105263158, 23.4444444444444, 
    29.6, 23.3, 30.2631578947368, 27.0454545454545, 25.9333333333333, 
    24.2083333333333, 27.448275862069, 28.2333333333333, 21.4666666666667, 
    24.1111111111111, 25.7333333333333, 23.8571428571429, 21.6, 
    26.08, 26.2916666666667, 27.1034482758621, 28.3666666666667, 
    27.9259259259259, 23.6, 25.7, 26.3666666666667, 26.0344827586207, 
    20.2666666666667, 23.0909090909091, 27.2727272727273, 25.9666666666667, 
    24.8214285714286, 20.2413793103448, 24.0333333333333, 20.6333333333333, 
    26.0344827586207, 22.6, 29.0333333333333, NA, 25.625, 19.0333333333333, 
    18.7666666666667, 21.0689655172414, 22, 24.1333333333333, 
    25.0333333333333, 24.0666666666667, 24.3666666666667, 20.7333333333333, 
    32.5, 26.6666666666667, NA, 22.2666666666667, 25.1333333333333, 
    27.1481481481481, 22.7, 24.4827586206897, 21.6071428571429, 
    20.8461538461538, 29.9333333333333, 17.3928571428571, 26.2666666666667, 
    23.84, 23.1481481481481, 23.8275862068966, 26.9, 26.7931034482759, 
    25.3636363636364, NA, 23.5333333333333, 27.3571428571429, 
    17.2, 24.5, 22.0666666666667, NA, 23.8333333333333, 26.5172413793103, 
    27.6551724137931, 21.2307692307692, 26.5384615384615, 19.5, 
    20.8, 25.3, 18.6666666666667, 25.2758620689655, 23.8333333333333, 
    24.3461538461538, 27.6551724137931, 25.7666666666667, 24, 
    26.0344827586207, 24.6, 28.7333333333333, 27.7, 20.1034482758621, 
    18.6071428571429, 26.1785714285714, 22.5714285714286, 22.6071428571429, 
    17.1785714285714, 19.3571428571429, 21.6071428571429, 24.4285714285714, 
    23.6071428571429, 21.6785714285714, 19.9642857142857, 25.2142857142857, 
    22.7241379310345, 23.0357142857143, 17.8928571428571, 22.2962962962963, 
    21.2857142857143, 21.8571428571429, 21, 25.6428571428571, 
    25.6071428571429, 19.4444444444444, 22.6785714285714), LAT = c(40.6971, 
    40.5361, 40.5227, 40.4949, 41.3585, 40.8209, 40.8619, 39.9355, 
    41.0072, 40.3803, 40.3916, 41.8975, 40.8415, 41.6516, 41.5217, 
    39.848, 39.9353, 41.9301, 40.1468, 41.0489, 41.1922, 39.7994, 
    39.9969, 41.3575, 41.775, 41.7391, 41.9903, 40.2258, 40.46, 
    40.1275, 41.5216, 40.4681, 40.50194, 40.0136, 40.71306, 41.1184, 
    41.4004, 39.8815, 41.5631, 40.0962, 40.5513, 40.9666, 40.2305, 
    39.78333, 40.5511, 39.77056, 40.2817, 40.5972, 41.4992, 41.6767, 
    40.0499, 40.1167, 41.4234, 40.1692, 40.3333, 40.8223, 40.9474, 
    40.5864, 41.64583, 41.131, 40.8344, 40.3391, 39.7808, 41.6725, 
    40.6475, 40.5319, 40.412, 40.61417, 40.1482, 40.075, 39.8, 
    41.9245, 39.9587, 40.8729, 40.12, 41.7394, 39.7275, 41.8157, 
    40.6515, 41.589, 40.9248, 41.3299, 41.4196, 39.8958, 40.5101, 
    40.683, 40.7831, 40.335, 40.05889, 41.05583, 39.8582, 41.8162, 
    40.5711, 40.7933, 41.40389, 41.008, 40.8532, 41.8975, 41.4792, 
    41.63, 41.7511, 41.84667, 39.89861, 41.7004, 40.0417, 41.4864, 
    39.8593, 40.31611, 41.8, 41.17833, 41.62639, 39.87327, 40.1962, 
    40.36667, 40.29639, 40.64985, 40.21722, 40.35472, 40.82056, 
    41.3336, 41.2433, 42.0803, 40.12028, 40.23833, 40.33, 41.13889, 
    41.04667, 39.91806, 40.08194, 40.4846), LONG = c(-75.2042, 
    -79.8152, -78.3694, -78.4667, -77.9262, -76.4983, -75.6428, 
    -77.2577, -76.4482, -76.0274, -79.8594, -78.7144, -79.9163, 
    -76.8463, -77.4478, -79.5898, -77.6394, -79.297, -79.8986, 
    -77.9411, -79.4361, -79.3665, -79.5963, -79.2172, -78.0417, 
    -77.971, -77.1567, -77.1894, -76.8703, -79.4058, -76.4043, 
    -78.7289, -80.0833, -78.3653, -79.5144, -75.7277, -79.8305, 
    -77.3506, -78.6014, -75.7513, -80.2167, -78.5871, -75.4354, 
    -79.9166, -75.9913, -77.0325, -76.8703, -79.1186, -80.4681, 
    -78.8036, -76.2742, -76.4333, -76.4933, -79.1411, -76.4667, 
    -75.6962, -76.8786, -77.5692, -80.425, -77.4336, -76.1352, 
    -79.8604, -79.041, -75.0641, -80.3861, -80.2172, -79.7245, 
    -79.7191, -74.953, -76.0717, -76.05, -78.0072, -75.1728, 
    -78.2161, -75.5011, -75.4465, -79.913, -78.2873, -78.5551, 
    -75.3303, -79.2825, -77.7381, -78.7493, -76.3948, -79.5459, 
    -79.6684, -76.8617, -75.313, -77.5213, -80.06, -77.4774, 
    -80.4249, -75.2781, -77.8672, -78.0183, -75.1876, -76.7891, 
    -77.1419, -79.4432, -79.693, -76.443, -79.1494, -80.1655, 
    -77.3871, -78.5278, -79.1025, -75.7861, -78.8338, -78.6333, 
    -78.8988, -80.215, -75.2267, -76.7724, -75.9666, -78.3202, 
    -75.4477, -76.8513, -79.9216, -76.8641, -75.7269, -76.9217, 
    -80.1824, -76.2944, -75.5572, -75.1225, -75.3794, -78.4116, 
    -76.8741, -75.0111, -80.2144)), .Names = c("STATION", "AVGTRANGE", 
"LAT", "LONG"), class = c("data.table", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-130L), .internal.selfref = <pointer: 0x2a40128>, sorted = "STATION")

來源

2017-10-13 HSchmale

您可以提供您的數據'dput'而不是'head' – Bulat

@Bulat添加您的數據請求。 – HSchmale

除了我的回答，我認爲這種行爲是一個錯誤。我會在這裏提出它作爲bug：https://github.com/tidyverse/ggplot2 – Bulat

我不確定你想用geom_raster實現什麼，因爲你的數據似乎不符合目的。

考慮點圖的輸出：

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT, colour = AVGTRANGE)) + 
    geom_point() 
    #geom_raster(aes(fill=AVGTRANGE), interpolate=TRUE) 
gg 

data(faithfuld) 
gg <- ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions, colour = density)) + 
    geom_point() 
    #geom_raster(aes(fill = density), interpolate = TRUE) 
gg

我也曾嘗試對數據geom_contour並不起作用：

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT, z = AVGTRANGE)) + 
    geom_contour() 
gg

UPDATE

我已經檢查的代碼geom_raster和它試圖創建巨型圖的原因是圖的分辨率基於點之間的最小距離。由於您的數據中的某些點非常非常大，因此矩陣的每個其他尺寸都非常大。

如果將LAT和LONG修改爲2位數字代碼，

locs$LAT <- round(locs$LAT, 0) 
locs$LONG <- round(locs$LONG, 0)

來源

2017-10-13 19:42:18 Bulat

我正在嘗試創建一個漸變熱圖，其中的事情是陰影顯示2點之間的變化。 – HSchmale

@ HSchmale，更好的解決方案是在將它傳遞給ggplot之前，使用克立金從你的點生成均勻間隔的柵格。 – Brian

R ggplot - 不能分配大的矢量

回答

相關問題