在bash循環中運行R函數

Question

我有一個名爲ggplot_cnv.R的腳本，其中包含了一些函數。

其中一個功能需要一個文件作爲輸入和輸出GGPLOT2情節：

plot.notch <- function(cnv_file, from=NA, to=NA) { 
... 
} 

我希望能夠對多個文件運行此。我知道你可以使用Rscript作爲arg傳遞文件，然後將它發送到ggplot_cnv.R內的函數，但是有沒有辦法在我的主腳本（ggplot_cnv.R）中不使用args的情況下執行此操作？

例如，我怎麼能在bash調用plot.notch功能從腳本ggplot_cnv.R for循環如（這不起作用）：

for f in $(ls data/*.cnv); do 
    Rscript -e "ggplot_cnv.R::plot.notch(cnv_file = $f)"; 
done 

Answer 1

我想，也許你可以使用R CMD BATCH做這樣工作。

Usage: 

    R CMD BATCH [options] infile [outfile] 

Answer 2

littler程序會提供您正在查找的功能。 http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.examples.html