有條件地在bash中連接多個文件

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我正在處理多個文件，我想在進一步處理管道之前連接。通常我需要連接1到3個不同的文件對，但偶爾會有三對以上的文件。我想調整我的腳本有條件的，而不是絕對數量，我只是傳遞一個條件（1或大於1的文件）連接。我想知道如果任何人都可以給我一個提示：有條件地在bash中連接多個文件

if [ $no_lanes -eq "1" ]; then 
     fq_align_1=$lane1_pair1 
     fq_align_2=$lane1_pair2 
fi 

if [ $no_lanes -eq "2" ]; then 
     cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq 
     cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 > "$sampleID"_cat2.fq 
     fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq 
     fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq 
fi 

if [ $no_lanes -eq "3" ]; then 
     cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 $lane3_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq 
     cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 $lane3_pair3 > "$sampleID"_cat2.fq 
     fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq 
     fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq 
fi ....

來源

2016-09-26 Reza Jabal

請仔細閱讀是什麼使[最小，完整和可驗證示例]（http://stackoverflow.com/help/mcve） – Inian

什麼是您的示例輸入和預期輸出？ – Inian

我的輸入是原始fastq數據（用於存儲DNA序列的基於文本的格式）。我有一個包含正向數據的文件和一個包含反向數據的文件。有時候，我需要將所有正向數據連接在一起並將數據反向到一對以上（F＆R）。 –

如果我理解正確的問題，一個簡單的for循環應該工作。

cat "$lane1_pair1" > "$sampleID"_cat1.fq 
cat "$lane1_pair2" > "$sampleID"_cat2.fq 

for ((n=2; n<=no_lanes; n++)) { 
     pair1var=lane${n}_pair1 
     pair2var=lane${n}_pair2 
     cat "${!pair1var}" >> "$sampleID"_cat1.fq 
     cat "${!pair2var}" >> "$sampleID"_cat2.fq 
} 

fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq 
fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq

編輯：修正循環中的變量間接。出於某種原因，我在想，我正在循環中製作文件名。但它實際上是製作變量名稱。這樣做需要使用$ {！...}擴展稍微間接。

來源

2016-09-26 13:39:38 ccarton

非常感謝。這正是我所期待的！ –

@Naeglaria，很高興我能幫上忙。如果它解決了您的問題，請隨時正式接受此答案。 :) – ccarton

我無法爲您的答案投下我的投票，因爲我沒有足夠的信用！「感謝您的反饋！對於名聲低於15的人投下的選票進行了記錄，但不會更改公開顯示的職位得分。」 –

有條件地在bash中連接多個文件

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