生成循環譜

Question

我試圖從我的肽中生成所有循環組合的譜圖。

這是我的線性頻譜的代碼：

#For example: LEQN 
#L:113 E:129 Q:128 N:114 
    peptide = [113,129,128,114] 
     for a in peptide: 
      for i in peptide[b:]: 
       s+= i 
       spectrum.append(s) 
      s=0 
      b += 1 

spectrum.sort() 
print spectrum 

輸出： [113，114，128，129，242，242，257，370，371，484]

我（113），E（129），Q（128），N（114），LE（113 + 129），LEQ（113 + 129 + 128），LEQN（113 + 129 + 128 + 114） ），EQN（129 + 128），EQN（129 + 128 + 114），QN（128 + 114）

但是缺失QNL（128 + 113 + 114），NL （114 + 113），NLE（114 + 113 + 129）

Ex。 QNL應該是128 + 114 + 113，它是元素2,3和1的總和。 NL是114 + 133，它是元素3和0的總和.NLE是113 + 114 + 129，它是元素3,0,1。

*我不需要添加EQNL或QNLE，因爲它們與LEQN完全相同。

*然而LE = 242和QN = 242具有相同的質量，但不是相同的東西。

預期輸出： 113,114,128,129,227（N + L），242,242,257,355（Q + N + L），356（N + L + E） 371，484

Answer 1

如果我正確理解您的問題，您需要所有可能的子列表，每個長度最大爲peptide列表的長度，並且列表中的每個起始位置都包含在列表末尾。一種方法是從itertools使用cycle和islice。

from itertools import cycle, islice 

peptide = [113, 129, 128, 114] 
spectrum = [] 
for num in range(1, len(peptide)): 
    for start in range(len(peptide)): 
     group = islice(cycle(peptide), start, start + num) 
     spectrum.append(sum(group)) 
spectrum.append(sum(peptide)) # add the entire list only once 

這樣，sorted(spectrum)最終爲[113, 114, 128, 129, 227, 242, 242, 257, 355, 356, 370, 371, 484]，這似乎是你想要的。然而，不知道這是如何縮放到更長的肽列表（我假設實際上這些列表有四個以上的元素）。

Answer 2

peptide = [113,129,128,114] 
peptide *= 2 
spectrum = [] 
for i in range(len(peptide)/2): 
    for j in range(i+1,i+4): 
     s = 0 
     for a in peptide[i:j]: 
      s+= a 
     spectrum.append(s) 
spectrum.sort() 
print spectrum