grep命令錯誤

Question

我已經使用grep命令來過濾列表中的文件。

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

但它給我一些額外的線條。就像我的列表中有2130個值，而file2中有2213個唯一行。這裏是file1的前幾行。

Variant   Gene    
    rs1042714  ADRB2     
    rs2297480  FDPS   
    rs12248560  CYP2C19  

以下是List.txt的一些行。

rs228729 
rs228642 
rs228666 
rs2640909 

我應該用什麼來篩選基於列表文件的文件？

Answer 1

的命令是正確的，要檢查你的命令：

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv 

與-v執行相同的命令反轉匹配：file2.tsv.invert的

grep -v -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv.invert 

檢查內容

測試使用的文件（所有結果都OK）：

grep -w -F -f list.txt file2.tsv.invert | wc -l 
> 0 # it's ok 

wc -l file2.tsv.invert file2.tsv # total must be equal to file1.tsv 
> 2544 file2.tsv.invert 
> 2997 file2.tsv 
> 5541 total 

wc -l file1.tsv 
> 5541 file1.tsv 

似乎一切OK！