如何將備用行合併到每個後續列？

輸入：

ind1 T G T 
    T T T 
ind2 G G T 
    G T T

期望輸出：

ind1 TT GT TT 
ind2 GG GT TT

我試圖這些命令：

sed 'N;s/\n/ /' <input> output

和

paste - - <input> output

但它只合並交替行，但加入整行，不考慮列;例如：

ind1 T G T T T T 

ind2 G G T G T T

任何想法使用bash或python？

來源

2017-10-16 Jontexas

這是一個代表性的例子，還是僅僅是一個例子？特別是，在您的實際投入中，列數是否固定？數據總是單字母'T'還是'G'？領導者總是在「ind」後面跟着一個號碼？這些標籤或空格？ – bishop

是一個代表性的例子。列中的數字是固定的;數據總是以單個字母（但不僅是T或G）。領導者可以是任何不一定跟隨字母數量的字符串。分隔符是標籤。 – Jontexas

awk來救援！

$ awk 'NR%2 {n=split($0,a); next} 
      {for(i=1;i<n;i++) $i=a[i+1] $i; 
      print a[1],$0}' file 

ind1 TT GT TT 
ind2 GG GT TT

說明奇數編號的行分成列。合併下一行並打印。偶數行少一個字段，相應地移位和打印。

來源

2017-10-16 19:09:54 karakfa

完美！這正是我正在尋找的，這是令人難以置信awk是多才多藝的任何情況hahahahaha – Jontexas

GNU AWK溶液（您電流輸入）：

awk -F'\t' -v FPAT='[^[:space:]]+' 'NF>3{ h=$1; for(i=1;i<=3;i++) a[i]=$(i+1) } 
       NF==3{ print h,a[1]$1,a[2]$2,a[3]$3 }' OFS='\t' file

輸出：

ind1 TT GT TT 
ind2 GG GT TT

來源

2017-10-16 19:13:33 RomanPerekhrest

謝謝@RomanPerekhrest！它非常完美！ – Jontexas

非awk的解決方案，因爲你問在bash或Python的答案：

cut -f 1-4 -d ' ' in | # the delimiter is a tab here 
    sed 's/^/>/'   | # replace the start of the line with a > 
    while read a b c d # read the fields 
    do if [[ "$a" = '>' ]]      # if > then a second line 
     then printf "$A\t$B$b\t$C$c\t$D$d\t\n" # so stack them 
     else A=${a#'>'}; B=$b; C=$c; D=$d;  # else set for stack later 
     fi 
    done

如果你想快速處理大量數據，我會使用perl。或python。

或C.我討厭awk。不要敲它的能力 - 我只是不喜歡它。

來源

2017-10-16 19:20:04

感謝Paul Hodges，但問題是它有超過150000個字段，所以它更容易，而不必設置要讀取的字段a-d。非常感謝您的解釋，我可能會將它用於較小的文件。 – Jontexas

然後，我肯定會*使用Perl，並使用Perl進行代碼編寫，並附帶警告和嚴格的評論。 Perl在生物信息學方面有相當多的歷史。 –

如何將備用行合併到每個後續列？

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